الطماطم المعدلة وراثيًا هي الطماطم التي تمت هندستها وراثيًا باستخدام التقنيات الحيوية بهدف إكسابها خواص مقاومة للبكتيريا أو الفطريات أو مبيدات الأعشاب أو بهدف زيادة الإنتاجية. كانت أول تجربة لغذاء معدل وراثيًا هي طماطم الفلافر سافر التي تمت هندستها لتكون ذات صلاحية أطول، والتي عُرضت في الأسواق لفترة وجيزة في 21 مايو 1994. حصلت الطماطم المعدلة وراثيا على الموافقة بالإدخال إلى الأسواق للاستهلاك المباشر في اليابان في عام 2021.
كان الهدف الأساسي هو تطوير طماطم بسمات جديدة مثل المقاومة المتزايدة للآفات أو الظروف البيئية، كما سعت بعض المشاريع الأخرى إلى إثراء الطماطم بمواد قد تقدم فوائد صحية أو تكون مغذية أكثر. وينتج العلماء الطماطم المعدلة وراثيًا لفهم وظيفة الجينات الموجودة بشكل طبيعي في الطماطم بالإضافة إلى إنتاج محاصيل جديدة.
كانت الطماطم البرية في الأصل صغيرة الحجم وخضراء وغير فاتحة للشهية إلى حد كبير، ولكن بعد قرون من التكاثر يوجد الآن الآلاف من السلالات المزروعة في جميع أنحاء العالم. طورت تقنيات الهندسة الوراثية طرقًا للاستفادة من استخدام البكتيريا الأجرعية في أواخر الثمانينيات من القرن العشرين، والتي يمكن أن تنقل المواد الجينية بنجاح إلى الجينوم النووي للطماطم. يمكن أيضًا إدخال المواد الجينية في البلاستيدات الخضراء وخلايا البلاستيدات الملونة في خلية الطماطم باستخدام المدفع الجيني. كانت الطماطم أول محصول غذائي يحتوي على فاكهة صالحة للأكل.