طاعون أثينا (باليونانية القديمة:Λοιμὸς Λοιμὸς τῶν Ἀθηνῶν, Loimos tôn Athênôn) هو الوباء الذي دمر دولة مدينة أثينا قديما في اليونان خلال السنة الثانية (430 قبل الميلاد) من الحرب البيلوبونيسية عندما انتصار الأثينيين. قتل الطاعون ما يقدر بنحو 75,000 إلى 100,000 شخص، أي حوالي ربع السكان، ويُعتقد أنه دخل أثينا عبر بيرايوس، ميناء المدينة والمصدر الوحيد للغذاء والإمدادات. كما شهِد جزء كبير من شرق البحر الأبيض المتوسط تفشي المرض، وإن كان تأثيره أقل.
كان للطاعون آثار خطيرة على مجتمع أثينا، مما أدى إلى عدم الالتزام بالقوانين والمعتقدات الدينية؛ رداً على ذلك، أصبحت القوانين أكثر صرامة، مما أدى إلى معاقبة غير المواطنين الذين يدعون أنهم من الأثينيين. وكان بريكليس زعيم أثينا من بين ضحايا الطاعون. عاد الطاعون مرتين أخريين، عام 429 قبل الميلاد وشتاء 427/426 ق.م. تم اقتراح حوالي 30 من مسببات الأمراض بأنها تسببت في الطاعون.