انخرطت صربيا في حروب يوغوسلافيا التي دارت بين عامي 1991 و1999 - وهي الحرب في سلوفينيا والحرب في كرواتيا والحرب في البوسنة والحرب في كوسوفو. من عام 1991 إلى عام 1997، كان سلوبودان ميلوشيفيتش رئيسًا لصربيا، وكانت صربيا جزءًا من جمهورية يوغوسلافيا الاتحادية، وقد جزمت المحكمة الجنائية الدولية ليوغوسلافيا السابقة أن ميلوشيفيتش كان يسيطر على القوات الصربية في البوسنة والهرسك وكرواتيا خلال الحروب التي دارت هناك من 1991 إلى 1995.
بتهمة دعم المتمردين الصرب في كرواتيا والبوسنة، عُلقت عضوية جمهورية يوغوسلافيا الاتحادية في معظم المنظمات والمؤسسات الدولية، وفُرضت عليها عقوبات اقتصادية وسياسية، فنجم عن ذلك كارثة اقتصادية وهجرة جماعية من البلاد. أدى قصف الناتو ليوغوسلافيا خلال حرب الكوسوفو إلى إلحاق أضرار كبيرة بالبنية التحتية والاقتصاد. بعد الحروب اليوغوسلافية، أصبحت موطنًا لأكبر عدد من اللاجئين والمشردين داخليًا في أوروبا.
عملت الإجراءات القضائية المختلفة في المحكمة الجنائية الدولية ليوغوسلافيا السابقة على التحقيق في المستويات المختلفة للمسؤولية التي يتحملها الجيش الشعبي اليوغوسلافي وقيادة جمهورية يوغوسلافيا الاتحادية وصربيا عن جرائم الحرب التي ارتكبها الصرب الإثنيون الذين استقروا في جمهوريات يوغوسلافيا السابقة الأخرى، في حين كُلفت حكومة صربيا بالقبض على العديد من الهاربين من أصل صربي لصالح المحكمة، وهو ما امتثلت له إلى حد كبير. أصبح ميلوشيفيتش أول رئيس دولة متهم بارتكاب جرائم حرب.
بعد صعود ميلوشيفيتش إلى السلطة واندلاع الحروب اليوغوسلافية، نشأت العديد من الحركات المناهضة للحرب في صربيا. تشير التقديرات إلى أنه ما بين 50,000 و200,000 شخص فروا من الجيش الشعبي اليوغوسلافي، في حين هاجر ما بين 100,000 و150,000 شخص من صربيا رافضين المشاركة في الحرب. لعبت بروباغندا ميلوشيفيتش دورًا مهمًا في الحروب.
بعد هزيمة حزب ميلوشيفيتش في الانتخابات المحلية لعام 1996، واندلاع الاحتجاجات المناهضة للحكومة 1996 – 1997 ومقاطعة المعارضة لانتخابات عام 1997 بسبب ظروفها غير النظامية، فاز تحالف المعارضة الواسع في انتخابات عام 2000. أسفر ذلك عن الإطاحة بسلوبودان ميلوشيفيتش، فقُبلت يوغوسلافيا الاتحادية في عضوية الأمم المتحدة واعتُقل ميلوشيفيتش وسُلم للمحاكمة بتهمة ارتكاب جرائم حرب.