لا يزال سوء التغذية مشكلة في جمهورية جنوب أفريقيا بالرغم من أنه غير منتشر في بلدان إفريقية أخرى جنوب الصحراء الكبرى .
وُلد 15٪ من رُضع جنوب أفريقيا بوزن ولادة منخفض. 5 ٪ من أطفال جنوب أفريقيا لديهم نقصان في الوزن ويعتبر أن لديهم الهُزال. منذ تسعينيات القرن الماضي، ظلت مشكلة سوء التغذية في جنوب أفريقيا مستقرة إلى حد ما. تشير التقديرات إلى خسارة جنوب أفريقيا حوالي 1،1مليار دولار أمريكي من الناتج الإجمالي المحلي كل عام بوجود نقص الفيتامينات والمعادن الناجم عن سوء التغذية، بالرغم من أن تشير التقديرات أن سيُكلف 55 مليار دولار أمريكي فقط لتخفيف تلك المشكلة من خلال تدخلات التغذية بالمغذيات الدقيقة.
يختلف انتشار سوء التغذية في جنوب أفريقيا عبر مناطق جغرافية ومجموعات اجتماعية اقتصادية مختلفة. يعاني الكثير من الرُضع في أفريقيا من سوء التغذية لأن أمهاتهم لا يرضعونهم. إن الأمهات اللاتي لا يرضعن أطفالهن، يفعلن ذلك تجنبًاً إصابة أطفالهن بعدوى الإيدز. وجدت دراسة وزارة الصحة التابعة لجنوب أفريقا في عام 2010 أن 2,30٪ من النساء الحوامل مصابون بالإيدز في جنوب أفريقا. يمكن أن يُسبب سوء التغذية عدة مشاكل صحية مختلفة مثل البلاجرا.
تختلف عواقب سوء التغذية المحددة وفقًا للفرد والمغذيات المحددة التي ينقصها نظام الفرد الغذائي. أقامت وزارة الصحة التابعة لجنوب أفريقيا برامج ومبادرات متنوعة مثل برنامج التغذية المتكامل لمكافحة آثار سوء التغذية الضارة. واجهت جميع البرامج والمبادرات تحديات كبيرة، ونتيجةً لذلك، يختلف معدلات نجاحها الفردي اختلافًا كبيرًا.