شاركت سلوفاكيا لأول مرة في الألعاب البارالمبية في الألعاب البارالمبية الشتوية 1994 في ليلهامر، عقب انقسام تشيكوسلوفاكيا، التي شاركت من 1972 إلى 1992. شاركت سلوفاكيا في كل دورة من كل من الألعاب البارالمبية الصيفية والألعاب البارالمبية الشتوية منذ ذلك الحين.
أنجح رياضيين سلوفاكيين هما هينريتا فاركاشوفا ومرشدتها ناتاليا سوبتروفا، اللذان، بأربع ذهبيات وفضية واحدة في التزلج الألبي، أصبحا أنجح رياضيي الألعاب البارالمبية الشتوية 2018 بأكملها، وهو ما حققاه كأول إنجاز في تاريخ بلادهما. يبلغ مجموع ميدالياتهما تسع ذهبيات، وفضيتين، وبرونزية واحدة من 2010، و2014، و2018، مما يجعلهما أنجح الرياضيين البارالمبيين في سلوفاكيا.
من بين الرواد، فاز جوزيف ميشتينا بأربع من أصل خمس ميداليات للبلاد في ألعاب 1994: ثلاث فضيات وبرونزية في التزلج الألبي. وفاز بأربع ميداليات أخرى (فضيتين وبرونزيتين) في عام 1998.
في عام 2010، فازت سلوفاكيا بأول ميداليات ذهبية شتوية لها، حيث فاز كل من هينريتا فاركاشوفا وياكوب كراكو بثلاث ذهبيات وفضية واحدة في التزلج الألبي للمكفوفين. أدى ذلك إلى تحقيق سلوفاكيا أفضل نتيجة لها في الألعاب البارالمبية: حيث احتلت البلاد المركز الرابع في جدول الميداليات.