بدأت العصور الحديثة المبكرة في رومانيا بعد وفاة ميشيل الشجاع، الذي حكم في اتحاد شخصي، الأفلاق، وترانسيلفانيا، والبغدان - ثلاث إمارات في الأراضي التي تشكل رومانيا الآن - لمدة ثلاثة أشهر، في عام 1600. خضعت الإمارات الثلاث للإمبراطورية العثمانية، ودفعت إتاوة سنوية للسلاطين العثمانيين، لكنهم حافظوا على استقلاليتهم الداخلية. في المقابل، دُمجت دبروجة وبانات بالكامل في الإمبراطورية العثمانية.
حكم أمراء الأفلاق والبغدان الأرثوذكس مملكتيهم بسلطة مطلقة، لكن البويار سيطروا على إدارة الدولة في ستينيات وسبعينيات القرن السابع عشر. تسبب النفوذ المتزايد لليونانيين (الذين أداروا إيرادات الدولة واستولوا على العقارات) في صراعات مريرة في كلتا الإمارتين. بسبب الضرائب الزائدة، غالبًا ما تمرد الفلاحون ضد أسيادهم. ساهمت فترة حكم ماتي باساراب الطويلة في الأفلاق، وفاسيلي لوبو في البغدان في تطوير الاقتصاد المحلي (خاصة التعدين والتجارة). كما دفع معظم أمراء الأفلاق والبغدان إتاوة لأمراء ترانسيلفانيا. أدار الأخير مملكتهم بالتعاون مع مجلس تشريعي، يتألف من ممثلين عن النبلاء المجريين، وسكسون ترانسيلفانيا، والسيكيليس، والنوّاب المعينين من قبل الملوك. في الإمارة، تمتعت الكاثوليكية، واللوثرية، والكالفينية، والتوحيدية بوضع رسمي. لم يكن للرومانيين ممثلين في المجلس ولم يحصوا إلا على التساهل مع دينهم الأرثوذكسي. وسع الأمراء الثلاثة البارزون - ستيفن بوكسكاي الكالفيني، وغابرييل بيثلين، وجورج راكوتشي الأول - بلدانهم ودافعوا عن حريات العقارات في مملكة المجر في وجه آل هابسبورغ في النصف الأول من القرن السابع عشر.
خلال هذه الفترة، اتسمت الأراضي التي يسكنها الرومانيون بالاختفاء البطيء للنظام الإقطاعي، من قبل قيادة بعض الحكام مثل ديميتري كانتيمير في البغدان، وقسطنطين برانكوفينو في الأفلاق، وغابرييل بيتلين في ترانسيلفانيا، والفناريون، وظهور الإمبراطورية الروسية كنفوذ سياسي وعسكري.