بدأت رئاسة جون آدامز في 4 مارس 1797 وذلك عندما نُصب ثاني رئيسٍ للولايات المتحدة، وانتهت فترة رئاسته في 4 مارس 1801. تولى آدامز، الذي شغل منصب نائب الرئيس في عهد جورج واشنطن، مهامه رئيسًا بعد فوزه في الانتخابات الرئاسية عام 1796. يُعد العضو الوحيد من الحزب الفدرالي الذي شغل منصب الرئيس، انتهت رئاسته بعد فترة ولاية واحدة إثر هزيمته في الانتخابات الرئاسية لعام 1800. خلفه توماس جيفرسون من الحزب الديمقراطي الجمهوري.
عندما تولى آدامز منصبه، كانت الحرب الجارية بين فرنسا وبريطانيا العظمى تتسبب بصعوبات كبيرة للتجار الأمريكيين في عرض البحار وأثارت على الصعيد الوطني تعصبًا حزبيًا شديدًا بين الفصائل السياسية المتنافسة. أسفرت محاولات التفاوض مع الفرنسيين عن قضية إكس واي زد، التي طالب فيها المسؤولون الفرنسيون برشاوى قبل الموافقة على بدء المفاوضات. أغضبت قضية إكس واي زد الرأي العام الأمريكي، وانخرطت الولايات المتحدة مع فرنسا في نزاع بحري غير معلن عُرف باسم شبه الحرب، سيطر على الفترة المتبقية من رئاسة آدامز. توسع نطاق الجيش والبحرية تحت إشراف آدامز، وحققت البحرية العديد من النجاحات في شبه الحرب.
تطلبت النفقات المتزايدة المقترنة بهذه الإجراءات إيرادات فيدرالية أكبر، وأقر الكونغرس الضريبة المباشرة لعام 1798. أثارت الحرب والضرائب المصاحبة لها اضطرابات محلية، مما أسفر عن وقوع حوادث مثل تمرد فريز. في مواجهة هذه الاضطرابات، الخارجية والمحلية على حد سواء، أقر الكونغرس الخامس أربعة مشاريع قوانين، عُرفت مجتمعة باسم قوانين الأجانب والتحريض. جعلت هذه القوانين، التي وقعها الرئيس، من الصعب على المهاجرين أخذ الجنسية الأمريكية، وسمحت للرئيس بسجن وترحيل الأجانب ممن اعتُبر خطِرًا أو من دولة معادية، وجرمت الإدلاء بتصريحات كاذبة تنتقد الحكومة الفيدرالية. رأت الأغلبية الفيدرالية بأن مشاريع القوانين هذه عززت الأمن القومي في وقت النزاع، في حين انتقد الجمهوريون الديمقراطيون القوانين بشدة.
ساهمت معارضة شبه الحرب وقوانين الأجانب والتحريض، بالإضافة إلى المنافسة الدائرة داخل الحزب بين آدامز وألكسندر هاملتون، في خسارة آدامز أمام جيفرسون في انتخابات عام 1800. يجد المؤرخون صعوبة في تقييم رئاسة آدامز. كتب صمويل إليوت موريسون بأن آدامز «لم يكن منسجمًا بطبيعته مع الرئاسة. لقد عرف عن العلوم السياسية أكثر من أي أمريكي آخر، حتى أكثر من جيمس ماديسون؛ ولكنه كان مضطربًا كحاكمٍ». ومع ذلك، تمكن آدامز من تجنب الحرب مع فرنسا، بحجة أن الحرب يجب أن تكون الملاذ الأخير بعد المساعي الدبلوماسية. بهذه الحجة، أكسب الأمة احترام أقوى خصومها. رغم تعرض آدامز لانتقادات شديدة بسبب توقيعه على قوانين الأجانب والتحريض، إلا أنه لم ينادي بإقرارها أبدًا ولم يطبقها شخصيًا، وقد أصدر عفوًا عن المحرضين على تمرد فريز. يرى المؤرخ سي. جيمس تايلور أن «إرث آدامز، في ضوء ذلك، هو إرث الحكمة والقيادة الأخلاقية وسيادة القانون والرحمة والسياسة الخارجية الحذرة لكن الفعالة التي تهدف إلى تحقيق المصلحة الوطنية وإحلال سلامٍ مشرف».