شغل توماس جفرسون (بالإنجليزية: Thomas Jefferson) منصب رئيس الولايات المتحدة من 4 مارس عام 1801 وحتى 4 مارس عام 1809. تولى جفرسون المنصب بعد هزيمة الرئيس جون أدامز في الانتخابات الرئاسية لعام 1800. كانت الانتخابات بمثابة إعادة تنظيم سياسي إذ اكتسح الحزب الديمقراطي الجمهوري الحزب الاتحادي من السلطة وبشّر بجيل من الهيمنة الديمقراطية الجمهورية في السياسة الأمريكية. بعد خدمته لفترتين، خلف جفرسون وزير الخارجية جيمس ماديسون، وهو أيضًا من الحزب الديمقراطي الجمهوري.
تولى جفرسون السلطة مصممًا على إعادة البرنامج الاتحادي لعام 1790. خفّضت إدارته الضرائب والإنفاق الحكومي والديون الوطنية وألغت قوانين الغرباء والفتنة. في الشؤون الخارجية، تمثلت التطورات الرئيسية بالحصول على صفقة لويزيانا الضخمة من فرنسا في عام 1803 وحظر التجارة مع كل من بريطانيا العظمى وفرنسا وتفاقم العلاقات مع بريطانيا مع محاولة الولايات المتحدة البقاء على الحياد في خضم الحروب النابليونية التي اجتاحت أوروبا. أسس جفرسون أكاديمية عسكرية واستخدم البحرية لحماية السفن التجارية من الجهاديين البحريين في شمال أفريقيا ووضع خطة لحماية الموانئ الأمريكية من الغزو الأجنبي باستخدام الزوارق الحربية الصغيرة (وهي الخطة التي أثبتت عدم جدواها عندما جاءت الحرب في عام 1812). أذن جفرسون أيضًا بحملة لويس وكلارك لاستكشاف إقليم لويزيانا وشمال غرب المحيط الهادئ.
خلال فترة ولايته الثانية، تركز اهتمام جفرسون على محاكمة نائب الرئيس السابق آنذاك آرون بور بتهمة الخيانة، والتي تبرّأ منها، إلى جانب مسألة الرقيق وعلى وجه التحديد استيراد العبيد من الخارج. في عام 1806، ندّد جفرسون بتجارة الرقيق الدولية باعتبارها «انتهاكًا لحقوق الإنسان» ودعا الكونغرس إلى تجريمها. ردّ الكونغرس بالموافقة على قانون حظر استيراد العبيد في العام التالي. هيمنت التوترات المتصاعدة بين الولايات المتحدة وبريطانيا على السنوات الأخيرة من ولاية جفرسون الثانية إذ بدأت البحرية الملكية بإثارة حفيظة البحارة من السفن الأمريكية ومهاجمتهم. رفض جفرسون الحرب واستخدم بدلًا من ذلك التهديدات الاقتصادية والحظر التي في نهاية المطاف أضرت الولايات المتحدة أكثر من بريطانيا. استمرت النزاعات مع بريطانيا بعد أن ترك جفرسون منصبه، ما أدى في نهاية المطاف إلى نشوب حرب عام 1812.
على الرغم من المشاكل الاقتصادية والسياسية الناجمة عن التوترات البحرية مع بريطانيا، خلف جفرسون خليفته المفضل، جيمس ماديسون. ظل إرثه مؤثرًا للغاية حتى الحرب الأهلية الأمريكية، لكن سمعته تضاءلت ومُسحت منذ ذلك الحين. ومع ذلك، في الدراسات الاستقصائية للمؤرخين الأكاديميين وعلماء السياسة، يُصنف جفرسون باستمرار كواحد من أكثر رؤساء الأمة احترامًا.