خوجة إسحاق (؟ -1599 م) شخصية إسلامية وسياسية في القرن السادس عشر، وهو مؤسس فرع الجبل الأسود من الطريقة الصوفية النقشبندية الإسلامية في خانات يرقند، وهو من نسل أحمد الكاساني، الولي الصوفي لمنطقة ما وراء النهر (آسيا الوسطى).
وفقًا للأسطورة، كانت والدة إسحاق من نسل ستوق بوغرا خان (خان القراخانيين). حوالي عام 1580 م، وصل إسحاق إلى خانية يرقند في بلاد ما وراء النهر، حيث أُشيد به كولي. كان هدف إسحاق من قدومه إلى كاشغر هو زيارة المسلمين الإيغور الذين كانوا يعيشون في آخر حدود دار الإسلام، ودعوة والبوذيين المنغول إلى الإسلام. مكّنته جاذبيته وقدرته على التأثير في الجماهير من نشر الإسلام في مناطق مثل قومول وزونغار.
واصل عمله الدعوي في المحليات، وحصل على دعم العديد من الأمراء والسلاطين في كاشغر، أوتار براديش ، وأكسو، وتوربان، لكن هذا أثار قلق عبد الكريم، الذي أمر بطرده من البلاد.
توفي إسحاق في شباط 1599 م. وخلفه ابنه الثالث، شادي خوجة، في كاشغر.