اعتُرف بحقوق الإنسان في إستونيا بأنها تحظى باحترام الحكومة عمومًا، في حين توجد مخاوف في بعض المجالات مثل ظروف الاحتجاز واستخدام الشرطة للقوة وإساءة معاملة الأطفال، صُنفت إستونيا بتصنيف فوق المتوسط لكل من الديمقراطية وحرية الصحافة والخصوصية والتنمية البشرية. يُكفل للأفراد الحقوق الأساسية بموجب الدستور والقوانين التشريعية والمعاهدات المتعلقة بحقوق الإنسان التي صدّقت عليها الحكومة الإستونية.
لم تجد العديد من المنظمات الدولية ومنظمات حقوق الإنسان مثل هيومن رايتس ووتش ومنظمة الأمن والتعاون في أوروبا سنة 1993 ومجلس حقوق الإنسان التابع للأمم المتحدة سنة 2008 أي دليل أو نمط للانتهاكات المنهجية لحقوق الإنسان أو التمييز على أسس عرقية، في حين أعرب آخرون مثل منظمة العفو الدولية سنة 2009 عن مخاوفهم بشأن الأقلية الروسية الناطقة بالروسية.