اعترفت إستونيا قانونيا بالعلاقات المثلية منذ 1 يناير 2016 من خلال السماح للشركاء المثليين بالدخول في اتفاقات التعايش (بالإستونية: kooselulepingu)، وهي أول دولة سوفييتية سابقة تقوم بذلك ذلك.
وبالإضافة إلى ذلك، وبعد صدور حكم قضائي في كانون الأول/ديسمبر 2016، تم الاعتراف بزواج المثليين المنعقد في الخارج. في نوفمبر 2017، قضت محكمة تالين الدائرة بأن هذا الاعتراف لا يمنح بالضرورة حقوق الإقامة. ومع ذلك، في أيلول/سبتمبر 2018، بعد صدور قرار من محكمة العدل الأوروبية، قضت محكمة إستونية أخرى بأنها الحكم يمنح حقوق الإقامة.