يُعدّ حاكم جزيرة القمر الكبرى رئيس الحكومة المستقلة لجزيرة القمر الكبرى (نغازيدجا)، وهي أكبر جزر القمر. واستُحدث هذا المنصب عام 2002 عقب اعتماد دستور جزر القمر لعام 2001.
ويتمتع الحاكم بصلاحيات تنفيذية، إلى جانب ثلاثة نواب له، وتمتد مدة ولايته وولاية نوابه لخمس سنوات. ويمثل كل نائب رئيس إحدى جزر القمر.