حاكم أنجوان هو رئيس أنجوان، إحدى الجزر الثلاث في اتحاد جزر القمر. استُحدث هذا المنصب أولًا كرئيس لأنجوان عام 1997 بعد إعلان استقلالها. ثم أصبح رئيسًا لجزيرة أنجوان المستقلة بعد اعتماد دستور اتحاد جزر القمر عام 2001.
وكان أول رئيس لجزيرة أنجوان هو المؤسس إبراهيم عبد الله من عام 1997 إلى عام 1999.
خلف سعيد عبيد عبد الرحمن المؤسس إبراهيم عبد الله في عام 1999 وكان رئيسًا لأنجوان حتى أغسطس 2001، تاريخ الانقلاب العسكري الذي قاده محمد بكر.
شغل محمد بكر المنصب المنتخب من 14 أبريل/نيسان 2002 إلى 26 أبريل/نيسان 2007، حين أعلنت المحكمة الدستورية الاتحادية في البلاد عدم قانونية بقائه في منصبه بعد انتهاء ولايته في 14 أبريل/نيسان. بعد يومين، عيّن الرئيس القمري أحمد عبد الله سامبي كامبي حمادي رئيسًا مؤقتًا لأنجوان. استُبدل حمادي بذويهيرو هاليدي في 11 مايو/أيار 2007. رفض بكر هذا الحل، وأجرى انتخابات غير قانونية في يونيو/حزيران، والتي فاز بها فوزًا ساحقًا، كما كان متوقعًا، نتيجة تزوير واسع النطاق. في فبراير/شباط 2008، أعلنت حكومة اتحاد جزر القمر فشلها في إيجاد حل دبلوماسي للأزمة، ونظمت تدخلًا مسلحًا في 25 مارس/آذار 2008، استعاد السيطرة على الجزيرة سريعًا. عُيين إكليل ظنين، أحد نواب رئيس الاتحاد، كزعيم مؤقت لأنجوان في 26 آذار 2008. وفي 30 آذار، عُيين ليليزمان عبده شيخ، الذي كان رئيس محكمة الاستئناف في أنجوان (وكان بالتالي الخليفة الدستوري للرئاسة في حالة الشغور)، كرئيس مؤقت؛ وقد أدى اليمين الدستورية في 31 آذار.
وفي أعقاب الانتخابات الرئاسية التي جرت في يونيو/حزيران 2008، أدى موسى تويبوع اليمين الدستورية رئيساً للبلاد في 5 يوليو/تموز 2008.
إن استيلاء حكومة اتحاد جزر القمر على جزيرة أنجوان أدى بالفعل إلى تحويل نظام رئيس أنجوان إلى نظام حاكم بامتيازات محدودة.