تمرد شيمبارا يُعرف أيضًا باسم تمرد شيمبارا-أماكوسا أو شيمبارا-أماكوسا إشيكي، وهو انتفاضة حدثت في دومين شيمبارا في شوغونية توكوغاوا في اليابان منذ 17 ديسمبر 1637 وحتى 15 أبريل 1638.
فرض الداي-ميو ماتسوكورا كاتسوي من دومين شيمبارا سياسات لم تحظ بتأييد شعبي وضعها والده ماتسوكورا سيغماسا، والتي رفعت الضرائب إلى حد كبير لبناء قلعة شيمبارا الجديدة وحظرت المسيحية بشدة. في ديسمبر 1637 تمرد تحالفٌ من الرونين المحليين وخاصة القرويين الكاثوليك بقيادة أماكوسا شيرو ضد شوغونية توكوغاوا بسبب الاستياء من سياسات كاتسوي. أرسلت شوغونية توكوغاوا قوة تزيد عن 125 ألف جندي تدعمها القوات الهولندية لقمع المتمردين وهزمهم بعد حصار طويل ضد معقلهم في قلعة هارا في ميناميشيمبارا.
بعد القمع الناجح للتمرد، أعدم شيرو ما يقدر بنحو 37,000 من المتمردين والمتعاطفين بقطع الرأس، وطرد التجار البرتغاليين المشتبه في مساعدتهم للمتمردين من اليابان. قطِع رأس كاتسوي لفساده، ليصبح الداي-ميو الوحيد الذي أعدِم خلال فترة إيدو، ومنِحت دومين شيمبارا إلى كوريكي تادافوسا. شددت سياسات اليابان من العزلة الوطنية واضطهاد المسيحية حتى باكوماتسو في خمسينيات القرن التاسع عشر.
كان تمرد شيمبارا أكبر حرب أهلية في اليابان خلال فترة إيدو، وكان واحدًا من عدد قليل من حالات الاضطرابات الخطيرة خلال فترة سلمية نسبيًا من حكم شوغونية توكوغاوا.