تفضيل الكودون أو تحيز استخدام الكودون (بالإنجليزية: Codon preference) هو الاختلاف في تواتر ظهور الكودونات الترادفية في منطقة مشفرة من الجينوم، أو تفضيل الكائنات لاستخدام كودون معين من عدة كودونات تشفر نفس الحمض الأميني.
عموما، الشيفرة الجينية منحفظة بين الكائنات لكن تفضيل الكودون مختلف بينها، وخياراتها مختلفة في استخدام الكودونات الترادفية المتواترة والنادرة. وفي نفس الوقت، ذلك الخيار ليس ثابتا تماما بين مختلف الجينات في جينوم الكائن بحد ذاته. تسمى فرضية أن مختلف الكائنات لديها تفضيلات مختلفة لكودونات ترادفية معينة بفرضية تفضيل الكودون الجينومي.
مع تراكم تسلسلات الجينومات الخاصة بمختلف الكائنات في قواعد البيانات من أجل تحليلها، أصبح واضحا أن التوزيع غير المتساوي للكودونات المترادفة تؤثر فيه قوى تطورية (الاصطفاء الطبيعي، الانحراف الجيني والطفرات) ويمكن أن يتجلى بطرق مختلفة في أجزاء من الجينات أو في الجينومات وفي مختلف الكائنات.