الطفرات الصامتة هي طفرات توجد في الحمض النووي ليس لها تأثير ملحوظ على النمط الظاهري للكائن الحي. وهن نوع خاص من الطفرات المحايدة. غالبا ما يتم استخدام عبارة الطفرة الصامتة كعبارة استبداليه لعبارة «طفرة مترادفة». ولكن الطفرات المترادفة لا تكون دائما طفرات صامتة، ولا العكس. من الممكن أن تؤثر الطفرات المترادفة على النسخ، الربط، نقل الحمض النووي المرسال، والترجمة، وأي جزء منها يمكن أن يغيَر النمط الظاهري مما يجعل الطفرة المترادفة غير صامتة.
يمكن أن تؤثر خصوصية الحمض النووي المرسال على الحمض النووي الناقل للكودون النادر بتوقيت الترجمة، وبدورها تقوم الترجمة المشتركة بكسر البروتين. وينعكس هذا في التحيز لاستخدام الكودون التي لوحظت في العديد من الانواع.
غالبا ما يتم تصنيف الطفرات التي تتسبب في تغيير الكودون لإنتاج حمض أميني بوظيفة مماثلة (مثلا: طفرة تنتج ليسين بدلا من الايزولوسين) على انها صامتة. فاذا تم حفظ خصائص الحمض الأميني فإن هذه الطفرة عادة لا تؤثر بشكل كبير على وظيفة البروتين.