تغيير بنية الكروماتين (بالإنجليزية: Chromatin remodeling) هو تغيُّرٌ ديناميكي في معمارية (هيكلة) الكروماتين يسمح لإنزيمات وعوامل النسخ بالوصول إلى الدنا الجينومي المُحزَّم، ومنه التحكم في التعبير الجيني. يتم هذا التغيير في البنية بواسطة:
1) تغيرات تساهمية في الهستونات بواسطة إنزيمات محددة مثل: ناقلة أسيتيل الهستون (HAT)، نازعة أسيتيل الهستون، ناقلة ميثيل الهستون والكيناز، و2) مركبات تغيير بنية الكروماتين المعتمدة على الـATP والتي إما تنقل أو تزيل أو تعيد هيكلة الجسيمات النووية. فضلا عن تنظيم التعبير الجيني بنشاط، يُضفي تغيير بنية الكروماتين دورا تنظيما فوق جينيا في العديد من العمليات البيولوجية: تضاعف وترميم دنا البويضات، الاستماتة، فصل الكروموسومات وكذلك النمو وتعدد القدرات. وُجد أن الزيغ في بروتينات تغيير بنية الكروماتين يصاحب الأمراض البشرية، بما في ذلك السرطان. استهداف مسارات تغيير بنية الكروماتين هو الآن إستراتيجية علاجية كبيرة لمعالجة العديد من السرطانات.