تطور ميكروبيوم فم الإنسان هو دراسة تطور ونمو الكائنات الحية الدقيقة في الفم وتكيفها عبر الزمن لمعرفة التغيرات الجينية للميكروبات. تغيرت علاقة الميكروبات الفموية مع مضيفها الإنسان عبر الزمن نتيجةً لتغير الأمراض وتطورها.
يوفر الطب التطوري تقييمًا لصحة الفم وأمراضه، ويحدد علم الإنسان الحيوي الميكروبات القديمة التي هاجمت الإنسان سابقًا لدراستها وللحفاظ على صحة الفم مستقبلًا.