علم ميكروبات الفم هو علم يدرس الميكروبات الموجودة في تجويف الفم وتفاعلاتها مع بعضها البعض ومع العائل. ومن الموضوعات ذات الأهمية الخاصة في هذا المجال دور الميكروبات التي تعيش في الفم في الإصابة بأهم مرضين رئيسيين من أمراض الأسنان: تسوس الأسنان ومرض دواعم الأسنان.
يأوي الفم مجموعة كبيرة ومتنوعة ومعقدة من الميكروبات. وتعيش هذه الأحياء الدقيقة التي تتميز بالتنوع الهائل على الأسطح المختلفة للفم الطبيعي. وتتراكم البكتيريا على أنسجة الفم الصلبة والرخوة على حد سواء مشكلة طبقة أو بيوفيلم. ويُعد الالتصاق البكتيري ذا أهمية خاصة لبكتيريا الفم.
وقد طورت بكتيريا الفم آليات لاستشعار بيئتها وتفادي العائل وتعديل سلوكه. وتعيش البكتيريا في المأوى الإيكولوجي الذي يوفره كل من سطح الأسنان والنسيج الظهاري للثة. إلا أن نظام الدفاع الطبيعي للعائل عندما يتمتع بكفاءة عالية يرصد باستمرار المستعمرات البكتيرية ويمنع اختراق البكتيريا للأنسجة الموضعية. ويوجد توازن ديناميكي بين بكتيريا جير الأسنان ونظام الدفاع الطبيعي للعائل.