تشمل التحقيقات في أصل كوفيد-19 العديد من المهام والجهود المستمرة من قبل العلماء والحكومات والمنظمات الدولية وغيرهم لتحديد أصل الفيروس المسؤول عن جائحة كوفيد-19، SARS-CoV-2. اتفقت الآراء العلمية على أنه فيروس حيواني المنشأ جاء من الخفافيش ضمن بيئة طبيعية.
يعد سارس-كوف 2 فيروسًا من نوع كورونا المرتبط بالمتلازمة التنفسية الحادة الشديدة (SARSr-CoV). يُعتقد أن أصله حيواني ويتمتع بتشابه جيني وثيق مع فيروسات الخفافيش التاجية، ما يشير إلى أنه نشأ من فيروس منقول بالخفافيش. ما يزال البحث جاريًا لمعرفة ما إذا كان منشأ سارس-كوف 2 يعود مباشرة إلى الخفافيش أو أنه قدم بصورة غير مباشرة عبر مضيف وسيط. أظهر تسلسل الجينوم الأولي للفيروس تنوعًا جينيًا ضئيلًا، على الرغم من ظهور عدد من المتغيرات المستقرة لاحقًا (انتشر بعضها بقوة أكبر)، ما يشير إلى احتمال وقوع الحدث الذي أدى إلى انتشار فيروس سارس-كوف 2 وانتقاله إلى البشر في أواخر عام 2019.
توضح السلطات الصحية والعلماء على الصعيد الدولي أن الجهود المبذولة لتتبع الأصول الجغرافية والتصنيفية الدقيقة لسارس-كوف 2 قد تستغرق سنوات، وقد تكون النتائج غير حاسمة. رُوج لعدد من نظريات المؤامرة حول أصول الفيروس. رددت منظمة الصحة العالمية آراء العلماء على الصعيد الدولي قائلة إن تسرب الفيروس من مختبر أمر «مستبعد للغاية»، مؤكدة ما توقعه معظم الخبراء بالفعل بشأن رجحان الأصول الطبيعية للفيروس وانتقاله المبكر.