تاريخ مدينة بخارى يعود إلى آلاف السنين، بدءًا من الاستيطان الآري في المنطقة، حيث كان شعبها الأصلي من الشعوب الإيرانية. واليوم مدينة بخارى، هي عاصمة ولاية بخارى في أوزبكستان، وبرزت أهميتها بسبب وقوعها على طريق الحرير، إذ كانت منذ فترة طويلة مركزًا للتجارة والعلم والثقافة والدين. وكانت من أهم مدن الشعوب الإيرانية خاصةً خلال العصر الذهبي للإسلام، وتحت حكم السامانيين، حيث أصبحت بخارى المركز الفكري للعالم الإسلامي، ومسقط رأس الإمام البخاري. أما في العصور الوسطى اللاحقة، وبعد استيطان الترك والمغول، فكانت بخارى عاصمة خانية بخارى.
أدرجت منظمة اليونسكو المركز التاريخي لمدينة بخارى، والذي يحتوي على العديد من المساجد والمدارس الدينية، كأحد مواقع التراث العالمي.
كانت بخارى أحد أهم المراكز الرئيسة للحضارة الفارسية منذ بداياتها في القرن السادس قبل الميلاد. وتُشكل مواقعها المعمارية والأثرية أحد ركائز تاريخ وفن آسيا الوسطى. وكانت منطقة بخارى وأجزاء كثيرة من آسيا الوسطى جزءًا من الإمبراطورية الفارسية لفترة طويلة، قبل الاستيطان المغولي والتركي.