يمكن تقسيم دراسة تاريخ المثلية الجنسية في المكسيك إلى ثلاث فترات منفصلة، تتزامن مع الفترات الرئيسية الثلاث للتاريخ المكسيكي: ما قبل كولومبوس، إسبانيا الجديدة وما بعد الاستقلال، على الرغم من أن رفض المثلية كان أمرًا مشتركًا بين الفترات الثلاث.
البيانات عن شعب ما قبل كولومبوس وإسبانيا الجديدة نادرة وغامضة. غالبًا ما وصف المؤرخون أعراف الشعوب الأصلية التي فاجأتهم أو التي كان لهم مآخذ عليها، ولكنهم كانوا يميلون إلى اتخاذ موقف الاتهام أو الاعتذار، ما يجعل التمييز بين الواقع والبروباغندا مستحيلًا. عمومًا، يبدو أن المكسيكيين كانوا على نفس درجة رهاب المثلية لدى الإسبان، وأن الشعوب الأصلية الأخرى تميل إلى أن تكون أكثر تقبلًا بكثير، وذلك إلى درجة تعظيم الناس ذات الروحين مثل الشامانية.
ما يزال جزء كبير من تاريخ المثلية الجنسية في حقبة إسبانيا الجديدة وبعد الاستقلال غير مدروس. ولكن، وقبل كل شيء، لا تزال فضيحتا إعدام «اللوطيين» عام 1658 ورقصة الواحد والأربعين عام 1901، وهما فضيحتان هائلتان في الحياة العامة المكسيكية، تهيمنان على الصورة.
حاليًا فإن هذا الموضوع قيد التغير في القرن الحادي والعشرين، ويرجع ذلك جزئيًا إلى اكتشاف فكرة أن مجتمع المثليين من شأنهم أن يكونوا مستهلكين، وذلك من خلال من يطلق عليهم اسم أصحاب المال الوردي والسياح.
أنشئت التشريعات لمكافحة التمييز (2003)، وشرّعت هيئتان اتحاديتان، كواويلا ومدينة مكسيكو، الاتحاد المدني والعلاقة المثلية (2007). في 21 ديسمبر 2009، وعلى الرغم من معارضة الكنيسة، وافقت حكومة مدينة مكسيكو على زواج المثليين، بأغلبية 39 صوتًا مقابل 20 وامتناع 5 عن التصويت.
كانت مدينة مكسيكو أول مدينة في أمريكا اللاتينية تقوم بذلك. ومع هذا فقد كانت المكسيك عام 2007 لا تزال واحدة من الدول التي ارتكبت معظم الجرائم فيها بحق المثليين، إذ يُقتل شخص في جريمة متعلقة برهاب المثلية كل يومين.