يعود تاريخ الكنيسة الكاثوليكية في المكسيك إلى حقبة الغزو الإسباني (1519 – 1521)، واستمرت الكنيسة كمؤسسة في المكسيك حتى القرن الواحد والعشرين. تُعدّ الكاثوليكية واحدةً من عدّة موروثات رئيسية باقية من الحقبة الاستعمارية الإسبانية؛ وتشمل الموروثات الأخرى الإسبانيةَ كلغة للأمة، والقانون المدني، وطابع العمارة الاستعمارية الإسبانية. حظيت الكنيسة الكاثوليكية بمكانتها المتميزة كمؤسسة حتى منتصف القرن التاسع عشر. وكانت الكنيسة الكاثوليكية هي الوحيدة المسموح بها في الحقبة الاستعمارية وفي بدايات فترة الجمهورية المكسيكية بعد الاستقلال في العام 1821. بعد الاستقلال، انخرطت الكنيسة الكاثوليكية بشكل مباشر في السياسة، ولم يقتصر ذلك على الشؤون الخاصة المتعلقة بالكنيسة.
في أواسط القرن التاسع عشر، أدخل الإصلاح الليبرالي تغييرات كبيرة في العلاقات بين الكنيسة والدولة. تصدّى الليبراليون المكسيكيون في السلطة لدور الكنيسة الكاثوليكية، وخصوصًا في ردة فعل على انخراطها في السياسة. قلّص الإصلاح دور الكنيسة في التعليم، والملكية، والتحكم في سجلات الولادة والزواج والوفاة، بالإضافة إلى إصدار قوانين محددة مناهضة لطبقة رجال الدين. أُدرجت العديد من تلك القوانين في دستور العام 1857، مما قيّد ملكية الكنيسة وغيرها من القيود.
رغم وجود بعض رجال الدين الليبراليين الذين دافعوا عن الإصلاح، من أمثال خوسيه ماريا لويس مورا، سادت نظرة ترى الكنيسة محافِظة ومعادية للثورة. خلال حرب الإصلاح التي اتسمت بالعنف، تحالفت الكنيسة مع القوى المحافظة التي سعت للإطاحة بالحكومة الليبرالية. كما ارتبطت تلك القوى بمحاولة المحافظين استعادة السلطة خلال الحرب الفرنسية المكسيكية، عندما دُعي ماكسيميليان من عائلة هابسبورغ ليصبحَ إمبراطورًا للمكسيك.
سقط حكم الإمبراطور، وتلطّخت سمعة المحافظين كما الكنيسة الكاثوليكية بالعار. ومع ذلك، خلال فترة رئاسة بورفيريو دياث الطويلة (1876-1911)، تبنّى الجنرال الليبرالي سياسة التصالح مع الكنيسة الكاثوليكية. ورغم إبقائه على المواد المناهضة لرجال الكنيسة في الدستور الليبرالي سارية المفعول، فقد سمح في الواقع بقدر أكبر من حرية العمل للكنيسة الكاثوليكية.
على إثر الإطاحة بحُكم دياث في العام 1911 والثورة المكسيكية التي دامت عقدًا من الزمن، وضع الفصيل الدستوري المنتصر بقيادة فينوستيانو كارانسا الدستور الجديد لعام 1917 والذي عزز الإجراءات المناهضة لرجال الكنيسة في الدستور الليبرالي من العام 1857.
مع رئاسة الجنرال الثوري الشمالي المناهض لرجال الكنيسة بلوتاركو إلياس كاليس (1924 – 1928)، أشعلَ تطبيق الدولة للمواد المناهضة للإكليروس من دستور العام 1917 أزمة كبيرة ترافقت بأعمال عنف في عدد من مناطق المكسيك. انتهى تمرد كريستيرو (1926-1929)، بمساعدة دبلوماسية سفير الولايات المتحدة في المكسيك، ووضع حد للعنف، إنما بقيت المواد المناهضة لرجال الدين في الدستور. لدى تولي الرئيس مانويل أفيلا كماتشو منصبه (1940-1946)، أعلن قائلًا: «أنا مؤمن [كاثوليكي]»، وتحسنت العلاقات بين الكنيسة والدولة رغم عدم حدوث تغييرات دستورية.
وقع تغيير رئيسي في العام 1992، مع رئاسة كارلوس ساليناس دي غورتاري (1988 – 1994). عبر برنامج إصلاح شامل «لتحديث المكسيك» أوضح خطوطه في خطاب تنصيبه في العام 1988، مضت حكومته قُدمًا في تطبيق التنقيحات في الدستور المكسيكي، وشملت صراحةً إطارًا قانونيًا جديدًا أعاد الشخصية القانونية للكنيسة الكاثوليكية.
يعتبر غالبية المكسيكيين في القرن الواحد والعشرين أنفسهم كاثوليكيين، إنما يترافق نمو الجماعات الدينية الأخرى كالبروتستانت الإنجيليين، والمورمون، والعلمانية مع الاتجاهات الفكرية في دول أخرى في أمريكا اللاتينية. أثّر القانون الفيدرالي للعام 1992 بشأن الجمعيات الدينية وشؤون العبادة العامة، المعروف باللغة الإنجليزية باسم قانون الجمعيات الدينية، أثّر على كافة الجماعات الدينية في المكسيك.