بدأ تاريخ القدس خلال عهد مملكة بيت المقدس بحصار القدس (1099) ضمن تاريخ القدس على يد القوات المسيحية من لاتين (العصور الوسطى) في أوج الحملة الصليبية الأولى. في تلك المرحلة، كانت المدينة تتبع تاريخ القدس خلال العصر الإسلامي المبكر منذ فتح القدس. وأصبحت القدس عاصمة مملكة بيت المقدس اللاتينية، حتى واجهت حصار القدس (1187) على يد الأيوبيين بقيادة صلاح الدين الأيوبي عام 1187 م. وعلى مدى الأربعين عاماً التالية، حاولت سلسلة من الحملات المسيحية، بما في ذلك الحملة الصليبية الثالثة والحملات الصليبية الخامسة، استعادة المدينة دون جدوى، حتى قاد فريدريك الثاني الحملة الصليبية السادسة ونجح في التفاوض على إعادتها عام 1229 م.
وفي حصار القدس (1244)، سقطت المدينة في أيدي جيش الخوارزميين بين عامي 1231 و1246. وبعد عام 1260 م، خضعت البلاد الأيوبية التي كانت تضم القدس لسيطرة الدولة المملوكية، وأُعيد بناء المدينة تدريجياً خلال أواخر القرن الثالث عشر الميلادي، بينما تعرضت مملكة بيت المقدس الآخذة في التقلص للهزيمة تدريجياً حتى سقوطها النهائي بعد فتح عكا.