تضمن تاريخ الفكر المسيحي مفاهيمًا حول الشمولية والحصرية منذ بدايته، فُهمت تلك المفاهيم وطُبقت بصورة مختلفة في عصور مختلفة، وأدت إلى ممارسات اضطهادية وتسامحية. أسس الفكر المسيحي المبكر الهوية المسيحية وعرّف الهرطقة وعزل نفسه عن تعدد الآلهة واليهودية واخترع الاستبدالية. في القرون بعد أن أصبحت المسيحية الديانة الرئيسية في روما، يقول بعض العلماء إن المسيحية أصبحت دينًا اضطهاديًا، بينما يقول آخرون إن التغيير نحو القيادة المسيحية لم يسبب اضطهادًا موضوعيًا للوثنيين.
بعد سقوط الإمبراطورية الرومانية، ركز الفكر المسيحي على المحافظة أكثر من التأصيل. تتمثل هذه الفترة الفكرية بغريغوري العظيم والقديس بينديكت والقوط الإسبانيين والمخطوطات الرسومية والتقدم في الرعاية الطبية عبر الرهبان. رغم أن جذور الاستبدالية والقرار يمكن أن تُرجع إلى القرن الثاني من الفكر المسيحي، عاش يهود العصور الوسطى بسلام إلى جانب جيرانهم المسيحيين بسبب تعاليم أوغسطينوس أنهم يجب أن يُتركوا بسلام. في العصور الوسطى المبكرة، تحول الفكر المسيحي حول الجيش والتدخل في الحروب ليتوافق مع الصليبيين من خلال اختراع المروءة والمراتب الرهبانية الجديدة المكرسة لها. لم يوجد مسلك واحد للفكر المسيحي خلال أغلب العصور الوسطى إذ كانت الكنيسة ديمقراطية بصورة كبيرة وكل نظام كان يمتلك عقيدته الخاصة.
كانت العصور الوسطى العليا محوريةً في الثقافة الأوروبية والفكر المسيحي. بدأ الملوك الإقطاعيون بتأسيس الأرضية لما سيصبح أممًا بسلطة مركزية. امتلكوا السلطة من خلال أدوات متعددة بما في ذلك الاضطهاد. لعب الفكر المسيحي دورًا داعمًا كما فعل الليتراتي، وهم مجموعة من الإنتلجنسيا الطموحين الذين كانوا يزدرون من يرون أنهم تحتهم، وذلك من خلال التبرير اللفظي لتلك الأساليب والأفعال. ساهم ذلك في نقطة تحول في العلاقات المسيحية اليهودية في العقد الأول من القرن الثالث عشر. أصبحت الهرطقة مسألةً دينية وسياسية واجتماعية ما أدى إلى عصيان مدني ومحاكم تفتيش العصور الوسطى. تُرى الحملة الصليبية على الكِثار من قبل الكثيرين بصفتها دليلًا على النزوع المسيحي لعدم التسامح والاضطهاد، بينما يقول علماء آخرون إنها أطلِقت من قبل السلطات العلمانية من أجل مصالحهم الخاصة.
تميزت العصور الوسطى المتأخرة بانخفاض للسلطة البابوية وتأثير الكنيسة مع تكييف للسلطة العلمانية التي أصبحت وجهًا متزايدًا للفكر المسيحي. شُكلت محاكم التفتيش المعاصرة في العصور الوسطى المتأخرة بطلب خاص من ملوك إسبانيا والبرتغال. بينما حدّت محاكم تفتيش العصور الوسطى من السلطة والتأثير، سُلبت سلطات المحكمة المقدسة، ومُددت وضُخمت من خلال سلطة الدولة لتصبح أحد أقوى المحركات للتدمير التي وجدت على الإطلاق. خلال الحملات الصليبية الشمالية، تحول الفكر المسيحي حول التحول إلى المسيحية إلى تقبل براغماتي للتحول الذي يُحصل عليه من خلال الضغط السياسي أو الإكراه العسكري رغم أن علماء اللاهوت في تلك الفترة استمروا بالكتابة أن التحول نحو المسيحية يجب أن يكون طوعيًا.
بحلول وقت الإصلاح المبكر (1400-1600)، كانت القناعة، التي تطورت بين البروتستانتيين الأوائل أن ريادة مفاهيم الحرية الدينية والتسامح الديني، ضروريةً. يقول العلماء إن التسامح لم يكن أسلوبًا معتنقًا على نطاق واسع لمجتمع بكامله وليس حتى في المجتمعات الغربية وأن هناك أشخاص قليلين مميزين، تاريخيًا، حاربوا من أجله. في الغرب، ساندت شخصيات الإصلاح المسيحي ولاحقًا إنلتجنسيا التنوير، من أجل التسامح في القرن السابق وخلال وبعد الإصلاح نحو التنوير. يوافق المعاصرون المسيحيون عمومًا أن التسامح مفضّل على الصراع، وأن الهرطقة والانشقاق لا تستحق العقاب. بعيدًا عن هذا، انتشر الاضطهاد الممنهج المدعوم حكوميًا للأقليات، المُخترع في الغرب في العصور الوسطى العليا للإمساك بالسلطة، نحو باقي العالم. يشير علم الاجتماع أن التسامح والاضطهاد هما منتجان للسياق وللهوية الجمعية أكثر مما يكونان أيديولوجية.