يمتد تاريخ الجدري إلى عصر ما قبل التاريخ، ويُرجح ظهور المرض بين البشر سنة 10000 قبل الميلاد. عُثر على أقرب دليل موثوق على الجدري في المومياوات المصرية لأشخاص ماتوا منذ نحو 3000 عام. كان للجدري تأثير كبير على تاريخ العالم، لأسباب أبرزها انخفاض أعداد السكان الأصليين في المناطق التي لم يكن فيها الجدري محليًا، مثل الأمريكتين وأستراليا، بسرعة وبصورة كبيرة بسبب هذا المرض (بالإضافة إلى الأمراض الأخرى المنتشرة) خلال الفترات الأولى من الاحتكاك بالأجانب، ما مهد الطريق للغزو والاستعمار. في القرن الثامن عشر، قتل المرض نحو 400000 أوروبي كل عام، بما في ذلك خمسة ملوك، وكان مسؤولاً عن ثلث حالات العمى. توفي نحو 20–60% من جميع المصابين –وأكثر من 80% من الأطفال المصابين– جراء هذا المرض.
خلال القرن العشرين، تشير التقديرات إلى أن الجدري كان مسؤولاً عن 300–500 مليون حالة وفاة. في أوائل الخمسينيات من القرن العشرين، كانت تحدث نحو 50 مليون حالة إصابة بالجدري في العالم كل عام. في عام 1967، قدرت منظمة الصحة العالمية أن 15 مليون شخص أصيبوا بالمرض وأن مليوني شخص ماتوا في ذلك العام. بعد حملات التلقيح الناجحة طوال القرنين التاسع عشر والعشرين، أعلنت منظمة الصحة العالمية القضاء العالمي على الجدري في ديسمبر عام 1979. يعد الجدري أحد المرضين المعديين الذين قضي عليهما، الآخر هو طاعون البقر، والذي أعلن القضاء عليه في عام 2011.