تاريخ الأمراض والأوبئة بين الشعوب الأصلية في الأمريكتين يتكوَّن أساسًا من عنصرين: الأمراض المتوطنة لدى الشعوب الأصلية، وتلك التي جلبها المستوطنون إلى الأمريكتين من العالم القديم (إفريقيا وآسيا وأوروبا).
رغم وجود مجموعة متنوعة من الأمراض المعدية في الأمريكتين في العصر ما قبل الكولومبي، أدى صِغر حجم السكان وقلة عدد الحيوانات المُستأنسة التي قد تنقل أمراضًا حيوانية المنشأ بالإضافة إلى محدودية التفاعل بين هذه المجموعات السكانية (مقارنةً بما كان عليه الحال في أوراسيا وإفريقيا) إلى إعاقة انتشار الأمراض المُعدية. من بين الأمراض المعدية القليلة التي قد تكون ذات أصل أمريكي مرض الزهري. باستثناء ذلك، نشأت معظم الأمراض المعدية الكبرى المعروفة اليوم في العالم القديم. انتهى العصر الأمريكي الذي كان فيه انتشار الأمراض المعدية محدودًا بوصول الأوروبيين إلى الأمريكتين وحدوث تبادل كولومبي شمل الكائنات الدقيقة (الميكروبات)، بما في ذلك تلك التي تُسبب الأمراض للبشر. كان للأمراض والجوائح الأوروبية تأثيرات كبرى على حياة السكان الأصليين خلال الفترة الاستعمارية وفي القرن التاسع عشر بشكل خاص.
كانت أفرو-أوراسيا ملتقىً لشعوبٍ متنوعة ومتباعدة جغرافيًا، تفصل بينها مئات أو حتى آلاف الأميال؛ لكن الحروب المتكررة التي شنّتها الشعوب الغازية ساعدت في نشر الأمراض المعدية في جميع أنحاء القارة، تمامًا كما فعلت حركة التجارة، بما في ذلك طريق الحرير. لأكثر من ألف عام، جلب المسافرون البضائع والأمراض المعدية من الشرق، إذ انتقل بعضها من الحيوانات إلى البشر. نتيجةً للتعرض المزمن، أصبحت العديد من الأمراض المعدية وافدة في تلك المجتمعات مع مرور الوقت، ما أدى إلى تطوير مناعة مكتسبة تدريجيًا لدى الأوروبيين الناجين، رغم أنهم ظلوا عرضةً للجوائح والأوبئة. حمل الأوروبيون معهم هذه الأمراض الوافدة عندما هاجروا واستكشفوا العالم الجديد.
غالبًا ما نقل الأوروبيون الأمراض المعدية إلى الأمريكيين الأصليين من خلال أنشطة التجارة والاستيطان، بل وكان ممكنًا أن تنتقل هذه الأمراض إلى أماكن بعيدة عن مراكز الاستعمار من خلال التبادل التجاري بين مجموعات السكان الأصليين أنفسهم. ساهمت الحروب والعبودية في نقل الأمراض. بما أن مجتمعات الأمريكيين الأصليين كانت تاريخيًا نظيفة ولم يسبق وتعرضت لمعظم هذه الأمراض المعدية، نادرًا ما كانت تملك مناعة فردية أو جماعية مكتسبة، ونتيجةً لذلك، عانت من معدلات وفيات مرتفعة للغاية. سببت هذه الوفيات الكثيرة اضطرابات شديدة ضمن المجتمعات الأصلية. تُعرف هذا الظاهرة باسم «تأثير التربة العذراء».