دارت المواجهة الإندونيسية الماليزية منذ عام 1962 حتى عام 1966 بين الكومنويلث البريطاني وإندونيسيا. سعت إندونيسيا، تحت حكم الرئيس سوكارنو، إلى منع تأسيس اتحاد ماليزيا الجديد الذي ظهر في عام 1963، في حين سعى الكومنولث البريطاني إلى حماية أمن الدولة الجديدة. ظلت الحرب محدودة مع ذلك، ودارت بشكل أساسي على جزيرة بورنيو، وذلك على الرغم من حدوث العديد من الغارات البحرية والجوية ضد شبه جزيرة مالاي. تمركزت وحدات القوات البحرية والجوية والجيش الأسترالي في ماليزيا مع الاحتياطي الاستراتيجي للشرق الأقصى، وبشكل خاص مجموعة لواء جند مشاة الكومنولث الثامن عشر، وذلك كجزء من التزام أستراليا العسكري المستمر بأمن ماليزيا.
ترددت الحكومة الأسترالية في البداية في الدخول بالنزاع، ولم تخض القوات الأسترالية أي معركة حتى عام 1964. توسع تدخل أستراليا في عام 1965 بعد طلبات متكررة من الحكومة البريطانية وذلك من خلال نشر كتيبة جند مشاة أسترالية وقوات خاصة في بورنيو حيث شاركوا بعدة معارك ضد وحدات الجيش الإندونيسي. تضمنت وحدات الجيش الأخرى المنتشرة بطاريات(صواريخ) مدفعية ومهندسين مدفعية، خاض كل منهما جولات لدعم جند المشاة في بورنيو. قامت السفن الحربية التابعة للبحرية الأسترالية الملكية بدورات في مياه بورنيو وماليزيا لمنع الأطراف الإندونيسية المتسللة، وشاركوا في قصف مواقع إندونيسية في بورنيو وفي طرد المتسللين في مضيق سنغافورة. لعبت القوات الجوية الأسترالية الملكية دورًا ثانويًا نسبيًا، على الرغم من أنه كان بالإمكان استخدامها على نطاق أوسع لو أن الحرب تصاعدت.