بنك بيانات البروتين (PDB) هو قاعدة بيانات للبيانات الهيكلية ثلاثية الأبعاد للجزيئات البيولوجية الكبيرة، مثل البروتينات والأحماض النووية ، ويشرف عليه بنك بيانات البروتين العالمي (wwPDB). يتم الحصول على هذه البيانات الهيكلية وإيداعها من قبل علماء الأحياء والكيمياء الحيوية حول العالم باستخدام منهجيات تجريبية مثل علم البلورات بالأشعة السينية ، وطيف الرنين المغناطيسي النووي ، وبشكل متزايد، المجهر الإلكتروني فائق البرودة . تراجع جميع البيانات المقدمة من قبل خبراء في مجال البيانات الحيوية ، وبمجرد الموافقة عليها، حيث تتاح مجانا على الإنترنت بموجب ترخيص CC0 للملكية العامة. يتاح الوصول العالمي إلى البيانات عبر مواقع الويب الخاصة بالمنظمات الأعضاء في wwPDB (PDBe ، PDBj RCSB PDB ، BMRB ، وEMDB ).
يعد بنك بيانات البروتينات (PDB) مرجعا أساسيا في مجالات البيولوجيا التركيبية ، مثل علم الجينوم التركيبي . تشترط معظم المجلات العلمية الكبرى وبعض جهات التمويل على العلماء إيداع بياناتهم التركيبية في بنك بيانات البروتينات. كما تستخدم العديد من قواعد البيانات الأخرى تراكيب البروتينات المودعة في بنك بيانات البروتينات. على سبيل المثال، يصنف كل من SCOP و CATH تراكيب البروتينات، بينما يوفر PDBsum نظرة عامة بيانية على مدخلات بنك بيانات البروتينات باستخدام معلومات من مصادر أخرى، مثل علم الجينات .