أنشئت بعثة الأمم المتحدة في السودان (UNMIS) من قبل مجلس الأمن الدولي تحت قرار 1590 من 24 مارس 2005، ردا على توقيع اتفاقة السلام الشامل بين حكومة السودان والحركة الشعبية لتحرير السودان في 9 يناير 2005 في السودان.
تتمثل مهام بعثة الأمم المتحدة في السودان في دعم تنفيذ اتفاقية السلام الشامل، وأداء بعض الوظائف المتعلقة بالمساعدة الإنسانية، والحماية، وتعزيز حقوق الإنسان، ودعم بعثة الاتحاد الأفريقي في السودان. انتهت ولاية بعثة الأمم المتحدة في السودان في 9 يوليو 2011؛ قام مجلس الأمن الدولي بإنهاء المهمة رسميًا في 11 يوليو 2011، بتخفيض بحلول 31 أغسطس 2011. ونُقلت المعدات والأفراد إلى القوة الأمنية المؤقتة وبعثة الأمم المتحدة في جنوب السودان.
أشهر موظفاتها الصحفية لبنى الحسين، التي استقالت من أجل رفع الحصانة عنها.