هناك مادتان في اللوائح الملحقة معاهدة التعاون بشأن البراءات (PCT) تتعلقان بالبحث عن طلبات براءات الاختراع الخاصة ببرامج الحاسوب وفحصها. هاتان المادتان مدرجتان في معاهدة التعاون بشأن البراءات PCT، التي لا تنص على منح البراءات، ولكنها توفر إجراءً موحدًا لإيداع وتقديم الطلبات والبحث عنها وفحصها، والتي تُعرف باسم "الطلبات الدولية". يكون التطرق إلى مسألة قابلية البراءة عند إجراء عملية البحث والاختبار، حيث يجري التحقق مما إذا كان الاختراع يبدو قابلًا للحصول على براءة اختراع أم لا.
هاتان المادتان هما القاعدة 39.1 والقاعدة 67.1 من معاهدة التعاون بشأن البراءات، واللتان قد يكون لهما تأثير ملموس على الإجراءات المتبعة في معاهدة التعاون بشأن البراءات (PCT)، لا سيما في عمليات البحث والاختبار التي تُجرى بموجبها، وذلك بالاقتران مع المادة 17(2)(أ)(1) والمادة 34(4)(أ)(1) من معاهدة التعاون بشأن البراءات. في الواقع، واعتمادًا على مكتب البراءات المسؤول عن البحث أو الاختبار بموجب معاهدة التعاون بشأن البراءات PCT، قد يخضع الطلب المودع بشأن اختراع يتعلق ببرنامج حاسوبي للبحث أو الاختبار أو قد لا يخضع للبحث أو الاختبار.[5] علاوة على ذلك، فإن الهيئات الدولية للبحث (ISA) وهيئات الاختبار التمهيدي الدولية (IPEA) (انظر القسم الخاص بالمعلومات الأساسية) التي لا تقوم ببحث مثل هذه الطلبات تتبع ممارسات مختلفة إلى حد ما فيما يتعلق بتحديد الاستثناءات الخاصة بالبرامج الحاسوبية.
بالإضافة إلى النتائج التي قد تترتب على هذه الأحكام القانونية في الممارسة العملية، تُعتبر القاعدة 39.1 من معاهدة التعاون بشأن البراءات ذات أهمية من منظور التفسير القانوني، حيث تساعد في فهم أصل المادة 52 (2) و(3) من الاتفاقية الأوروبية للبراءات (EPC)، والتي أثارت الكثير من الجدل. في الواقع، تم إدراج استثناء البرامج الحاسوبية في الاتفاقية الأوروبية للبراءات EPC بما يتماشى مع القاعدة 39.1 من معاهدة التعاون بشأن البراءات PCT، مما يعني أن القاعدة 39.1 سبقت المادة 52 (2) و(3) من الاتفاقية الأوروبية للبراءات EPC.