بحر ناتونا (الإندونيسية: Laut Natuna. بحر الصين الجنوبي هو بحر ضحل واسع يقع حول مقاطعة ناتونا، ويمتد جنوب جزر رياو، وشرق مقاطعة لينغا، وغرب بورنيو، وصولاً إلى جزر بانكا بيليتونغ. تقع جزر أرخبيل باداس وتامبلان في وسطه. يقع معظمه ضمن المياه الإقليمية الإندونيسية، وهو الجزء الجنوبي من بحر الصين الجنوبي، وجزء جيولوجي من جرف سوندا. يتصل بحر الصين الجنوبي ببحر جاوة من جهة الجنوب الشرقي عبر مضيق كاريماتا ومضيق غاسبار شرق وغرب بيليتونغ، وبمضيق ملقا من جهة الغرب عبر مضيق بيرحالا ومضيق سنغافورة.
لم تُدرج المنظمة الهيدروغرافية الدولية (IHO)، في طبعتها الثالثة (1953) بعنوان "حدود المحيطات والبحار"، بحر ناتونا. وبدلاً من ذلك، تُعتبر المنطقة التي يشملها بحر ناتونا الجزء الجنوبي من بحر الصين الجنوبي. واقترح مشروع عام 1986 لحدود المحيطات والبحار الصادر عن المنظمة الهيدروغرافية الدولية بحر ناتونا، الذي يمتد جنوبًا من جزيرتي ناتونا وأنامباس إلى جزر بيليتونغ.