يقع أرخبيل جزر ناتونا المكون من 272 جزيرة في بحر ناتونا في ضمن أرخبيل توجوه قبالة الساحل الشمالي الغربي لجزيرة بورنيو.
تتبع الجزر إداريا لمقاطعة جزر رياو في إندونيسيا، وهي مجموعة الجزر الإندونيسية الأقصى شمالا ضمن حدود غير المتنازع عليها.
وتنقسم جزر ناتونا إلى ثلاث مجموعات :
ناتونا الشمالية، وتضم جزيرة لاوت
ناتونا الوسطى، وتضم ناتونا الكبرى
ناتونا الجنوبية، وتضم جزيرة سوبي الكبرى.