النزاع الطائفي في جزر مالوكو هو فترة من الصراع العرقي السياسي بين التيارات الدينية، انتشر في الجزر الإندونيسية التي تشكل أرخبيل مالوكو، كانت الاضطرابات خطيرة بشكل خاص على جزيرتي أمبون وهالماهيرا. استمر الصراع من بداية حقبة الإصلاح في أوائل عام 1999 حتى توقيع اتفاق مالينو الثاني في 13 فبراير 2002.
تُعزى الأسباب الرئيسية للصراع إلى عدم الاستقرار السياسي والاقتصادي العام في إندونيسيا بعد سقوط سوهارتو، وانخفاض قيمة الروبية أثناء وبعد أزمة اقتصادية أوسع أصابت جنوب شرق آسيا. أدى التقسيم مالوكو آنذاك إلى مقاطعة مالوكو الحالية، ومقاطعة مالوكو الشمالية إلى تفاقم الخلافات السياسية القائمة في المنطقة، وبما أن الخلاف السياسي مبني على أسس دينية، اندلع القتال بين المسيحيين، والمجتمعات المسلمة في يناير 1999. ارتكب كلا الجانبين فظائع ضد السكان المدنيين. كان المتحاربون الرئيسيون هم الميليشيات الدينية من كلا الطرفين، بما في ذلك تنظيم عسكر الجهاد الإسلامي (لشكر جهاد) المنظم جيدًا، والقوات العسكرية الحكومية الإندونيسية.