مقاطعة مالوكو (بالإندونيسية: Maluku) هي مقاطعة في إندونيسيا. تقع في شرق إندونيسيا، بين سولاوسي وغينيا الجديدة الغربية، وتضم المناطق الوسطى والجنوبية من جزر مالوكو. وهي مجاورة مباشرة لمالوكو الشمالية، وبابوا الجنوبية الغربية، وبابوا الغربية في الشمال؛ سولاوسي الوسطى وسولاوسي الجنوبية الشرقية في الغرب؛ بحر باندا، وأستراليا، وتيمور الشرقية، ونوسا تنجارا الشرقية في الجنوب؛ وبحر أرافورا، وبابوا الوسطى، وبابوا الجنوبية في الشرق. تبلغ مساحة الأرض 46,158.26 كم2، وبلغ إجمالي سكان هذه المقاطعة في تعداد عام 2010 1,533,506 نسمة، وارتفع إلى 1,848,923 في تعداد عام 2020، وبلغ التقدير الرسمي في منتصف عام 2024 1,945,648 نسمة (يشمل 983,943 ذكرًا و961,705 أنثى). أكبر مدينة وعاصمة لمقاطعة مالوكو هي أمبون على جزيرة أمبون الصغيرة.
لمالوكو دينان رئيسيان، هما الإسلام الذي التزم به في تعداد 2020 حوالي 52.85% من سكان المقاطعة، والمسيحية التي يعتنقها حوالي 46.3% (39.4% بروتستانتية و7.0% كاثوليكية).
كانت جميع جزر مالوكو جزءًا من مقاطعة واحدة من عام 1950 حتى عام 1999. في عام 1999، تم فصل الجزء الشمالي من مالوكو (الذي كان يضم آنذاك منطقة مالوكو أوتارا، ومنطقة هالماهيرا الوسطى، ومدينة ترنات) لتشكيل مقاطعة منفصلة هي مالوكو الشمالية، مفصولة عن بقية مقاطعة مالوكو (الجنوبية) بـبحر سيرام.