المحكمة الدينية الخاصة (الفارسية: دادگاه ویژه روحانیت) هي نظام قضائي إيراني خاص يُعنى بمحاكمة الجرائم، سواءً كانت جرائم عادية أو سياسية، التي يرتكبها رجال الدين والعلماء الإسلاميون. يحق لهذه المحكمة تجريد الفقهاء الإسلاميين من رتبتهم وحظر ممارستهم لمهنتهم، وإصدار أحكام بالسجن والعقوبات، وغيرها. تعمل المحكمة بشكل مستقل عن الإطار القضائي الإيراني النظامي، ولها أنظمة أمن وسجون خاصة بها، وقضايا وإجراءات "سرية عمومًا"، ولم يُسائلها إلا المرشد الأعلى لإيران (علي خامنئي) مرةً في 2024 م. كان عبد الله نوري أبرز سياسي إسلامي حوكم وحُكم عليه بالسجن منذ الثورة الإيرانية، حيث حكمت عليه المحكمة بالسجن خمس سنوات عام 1999 م.
تأسست المحكمة في أوائل الثمانينيات على أساس مخصص، ثم أُلغيَت تدريجيًا، ثم أعيد تأسيسها في عام 1987 م. وقد تم إضفاء الطابع المؤسسي عليها بالكامل وتزويدها بـ "قانون" في عام 1991 م في عهد المرشد الأعلى خامنئي. تمت مراجعة هذا القانون وتوسيعه في عام 2005 م. بالإضافة إلى المحكمة الخاصة لرجال الدين، يوجد أيضًا مدعٍ عام خاص لرجال الدين يتم تعيينه أيضًا من المرشد الأعلى ويتم دمجه أحيانًا مع المحكمة.
وفقًا للباحثة ميريام كونكلر، "منذ منتصف تسعينيات القرن العشرين... تم استخدام المحكمة بشكل متزايد كأداة لقمع رجال الدين المعارضين للدولة أو الذين أبدوا تأييدًا بسيطًا لأمريكا وإسرائيل، وفي بعض الأحيان حتى الجناة غير رجال الدين" وأضافت ميريام: "تعمل المحكمة لغرضين ضد المعارضة ولضمان عدم توليد المدخلية في إيران".