الكنيسة المستقلة الفلبينية، والتي تعرف شعبيًا باسم كنيسة أغليبايان، هي طائفة مسيحية كاثوليكية مستقلة، تأخذ شكل كنيسة وطنية في الفلبين. وقد أعلن انشقاقها القومي الثوري عن الكنيسة الرومانية الكاثوليكية إبان الحقبة الاستعمارية الأمريكية في عام 1902، عقب انتهاء الحرب الفلبينية الأمريكية، على يد أعضاء أول اتحاد نقابي عمالي في البلاد، وهو اتحاد العمال الديمقراطيين الفلبيني.
جاء تأسيس هذه الكنيسة ردًا على سوء المعاملة والتمييز العنصري الذي قاساه الفلبينيون تاريخيًا على يد القساوسة الإسبان، وتأثر جزئيًا بالإعدامات الجائرة التي طالت خوسيه ريزال، وعدد من القساوسة الفلبينيين، والشخصيات البارزة في حركة العلمنة، مثل ماريانو غوميز، وخوسيه بورغوس، وخاسينتو زامورا، إبان الحكم الاستعماري الإسباني السابق للبلاد، حين كانت الرومانية الكاثوليكية لا تزال الدين الرسمي للدولة.