الفساد في إندونيسيا في حين يصعب جمع البيانات الثابتة عن الفساد، فإن الفساد في إندونيسيا يُرى بوضوح من خلال الرأي العام، ويتم جمعه من خلال الدراسات الاستقصائية وكذلك مراقبة كيفية تشغيل كل نظام. يصنف مؤشر مدركات الفساد في منظمة الشفافية الدولية لعام 2017 الدولة في المرتبة 96 من بين 180 دولة.
هناك مجالان رئيسيان في القطاع العام يمكن العثور فيه على الفساد في إندونيسيا. هي قطاعات العدالة والخدمة المدنية. يُرى الفساد في قطاع العدالة بسبب عدم فاعليته في إنفاذ القوانين، وعدم دعم العدالة، ومن ثم تقويض حكم القانون. تشمل مجالات الفساد في هذا القطاع الشرطة والمحاكم. في مسح نزاهة القطاع العام لعام 2008 صنفت المحكمة العليا المرتبة الأدنى من حيث النزاهة مقارنة بالخدمات العامة الأخرى في إندونيسيا. كان ينظر إلى المحاكم على اتخاذ قرارات غير عادلة وتكاليف باهظة غير رسمية.
دليل الفساد داخل الخدمة المدنية يأتي من استطلاعات الرأي التي أجريت داخل القطاع، وجدت بعض الدراسات الاستقصائية أن ما يقرب من نصف تم العثور على رشاوى. الموظفون المدنيون أنفسهم يعترفون بالفساد.
في يناير 2012 أفادت التقارير بأن إندونيسيا خسرت ما يصل إلى 2.13 تريليون روبية (238.6 مليون دولار أمريكي) للفساد في عام 2011. وقالت دراسة أجرتها مراقبة الفساد الإندونيسية، وهي منظمة غير ربحية ينسقها دانانغ ويدويوكو، إن هذا الاختلاس تمثل معظم الأموال المفقودة وأن «الاستثمار الحكومي كان القطاع الأكثر عرضة للإشباع».
تشعر الشركات بالقلق إزاء الروتين والابتزاز على نطاق واسع في عملية الحصول على التراخيص والتصاريح، وكثيراً ما يواجهون طلبًا للحصول على رسوم أو تنازلات غير قانونية بناءً على العلاقات الشخصية عند الحصول على عقود حكومية. أبلغت الشركات أيضًا عن طلب منتظم على المدفوعات النقدية وتوقعات المسؤولين الإندونيسيين للحصول على الهدايا والعلاجات الخاصة.