استمرت الفترة الأولى من الحكم الفرنسي في الجزر الأيونية منذ يونيو 1797 وحتى مارس 1799. بعد سقوط جمهورية البندقية في مايو من العام 1797، احتل الفرنسيون الجزر الأيونية التي كانت مملوكة من البندقية. أسس الفرنسيون نظامًا ديمقراطيًا جديدًا، وبعد معاهدة كامبو فورميو، ضموا الجزر إلى فرنسا، وشكلوا المقاطعات الثلاث كورسيري (كورفو) وإيثاكا (إيثاكا) ومير إيجي (بحر إيجه).
بدأ الحكم الفرنسي، الذي كان مرحبًا به على نطاق واسع بداية، بزيادة تصرفاته القمعية تجاه سكان الجزر، وأثار عداوة الإمبراطورية العثمانية والإمبراطورية الروسية. في عام 1798، انطلقت حملة روسية عثمانية مشتركة ضد الجزر، حملة بلغت ذروتها في حصار كورفو الذي دام أربعة أشهر. كان سقوطها في مارس من العام 1799 إيذانًا بنهاية الحكم الفرنسي، فأعيد تنظيم الجزر لتكون محمية روسية عثمانية لجمهورية الجزر السبع. ضُمت الجزر مرة أخرى إلى فرنسا في عام 1807 بعد معاهدة تيلسيت، لكنها احتفظت بالعديد من مؤسسات الجمهورية السبعية. طرد البريطانيون الفرنسيين من معظم الجزر في 1809-1810. وحدها كورفو قاومت حتى عام 1814. في عام 1815، أسس البريطانيون الولايات المتحدة للجزر الأيونية.