الإسلام في بيزانسون ظهر الوجود الإسلامي في بيزانسون بشكل ملحوظ بعد الحرب العالمية الثانية وبالأخص بعد استقلال المغرب. قبل هذا العصر لم يوجد أي مصدر ليشهد وجود جماعة إسلامية ببيزانسون؛ على الرغم من أن جنود الاحتلال أقاموا في هذه المنطقة من 1870 حتى 1920. احتوى أول جيش فرنسي لأفريقيا على عدد كبير من المحاربين من المستعمرات الفرنسية وقام بتحرير إقليم دوبس وإقليم بلفور والزاس من عام 1944 الي 1945.عاد المستعمرون إلى بلادهم الأم بعد الحرب ثم عادوا مرة أخرى وتفرقوا قليلاً في أرجاء فرنسا ومن ثم استقروا في عاصمة بيزانسون.
خلال أعوام 1960 هاجر الكثير من شمال أفريقيا إلى المدينة وكان أغلبهم من المسلمين ومنذ هذه الفترة، ظهر احتياج السكان الجدد إلى دور للعبادة. على مر العقود، ولقلة دور العبادة اتبع المسلمين شعائرهم الدينية في مباني متهالكة أو في قاعات كبيرة. لكن في عام 1981 اقام المركز الثقافى الإسلامى فرانش كونته، ومقره بيزانسون، رابطة السُنة التي انشئت عام1987.و في أواخر التسعينيات عام 1990 وخصوصاً منذ عام 2000 بُنى لأول مرة بعض المساجد بالعاصمة مثل مسجد السُنة، مسجد الفتح وحديثا مسجد فونتان إيكو Fontaine-Écu.
في 2010، الإسلام سيكون الديانة الثانية في بيزانسون بعد المسيحية على الرغم من عدم وجود أي مستند رسمى يؤكد ذلك في ماعدا أقوال أكبر الزعماء الروحانيين في البلدة. بناء على راديو “فرنسا الزرقاء” بيزانسون، وصل عدد المسلمين في المدينة إلى 15000 مسلم بما يعادل 13% من التعداد السكانى.