الإسلام هو الدين الأكثر شيوعًا في السودان، وقد هيمن المسلمون على مؤسسات الحكومة الوطنية منذ الاستقلال عام 1956. وفقًا لبرنامج الأمم المتحدة الإنمائي في السودان، يبلغ عدد السكان المسلمين 97٪، بما في ذلك العديد من الجماعات العربية وغير العربية، أما نسبة 3٪ المتبقية فهم أتباع الديانة المسيحية أو الديانات التقليدية.
ينتشر المسلمون في كل منطقة تقريبًا باستثناء جبال النوبة. ويتبع معظم المسلمين في السودان المذهب السني، ولا سيما المذهب المالكي في الفقه. كما توجد بعض المجتمعات الشيعية في العاصمة الخرطوم. وارتبطت جماعتان دينيتان، هما الأنصار والختمية، سياسيًا بكل من حزب الأمة القومي والحزب الاتحادي الديمقراطي الموحد على التوالي. وتعد منطقة دارفور أقل حضورًا تقليديًا للجماعات الصوفية الموجودة في بقية البلاد.
في سبتمبر 2020، سعت أحزاب قوى الحرية والتغيير إلى جعل السودان دولة علمانية دستوريًا، بعد موافقة الحكومة الانتقالية في السودان على مبدأ فصل الدين عن الدولة، بما أنهى أعوامًا من الحكم الإسلامي واعتبار الإسلام دينًا رسميًا للدولة في السودان. وكان من شأن هذا التوجه أن ينهي قانون الردة السابق والجلد العلني. لكنه واجه رفضًا شعبيًا.