على الرغم من ضمان الدستور الوطني المؤقت في السودان لعام 2005 حرية المعتقد في كامل البلاد، يعتبر الدستور الشريعة الإسلامية مصدرًا للتشريع في الشمال. تصبّ القوانين الرسمية والسياسات الحكومية في مصلحة الإسلام في ذلك الجزء من البلاد. ينصّ دستور جنوب السودان على حرية المعتقد، وتسهم القوانين والسياسات الأخرى لحكومة جنوب السودان عامّةً في ممارسة المعتقد بعيدًا عن السياسة. كان هناك بعض التحسن في الحرية الدينية (خلال فترة كتابة التقرير). وانحلّت القيود المفروضة على المسيحيين في الشمال وحُقّقت مكاسب مستمرّة مع إنشاء حكومة الوحدة الوطنية في عام 2005. عمومًا، تحترم حكومة جنوب السودان حرية المعتقد ضمن ولاياتها العشر.
وردت بعض التقارير حول وقوع انتهاكاتٍ وتمييٍز اجتماعيّ على أساس الانتماء الديني أو المعتقد أو الممارسة، وما زال التحامل الديني منتشرًا على نطاق واسع. يواجه مسلمو الشمال ممن يعربون عن اهتمامهم بالمسيحية أو يرغبون في اعتناقها ضغوطًا اجتماعيةً قوية تدفعهم للتراجع. يمكن للمسلمين في الشمال ممن اعتنقوا المسيحية أن يواجهوا عقوبة الإعدام بسبب ارتدادهم. (انظر اضطهاد المسيحيين في السودان ومريم يحيى إبراهيم إسحاق)
تقول منظمة العفو الدولية بأن السيدة إسحاق نشأت على ديانة أمها، المسيحية الأرثوذكسية، لغياب والدها المسلم. قال وزير الإعلام أحمد بلال عثمان في وقتٍ سابق: «ليست السودان هي الدولة الوحيدة، ففي السعودية وجميع البلدان الإسلامية، لا يُسمح للمسلم إطلاقًا بتغيير دينه». -نقلًا عن خدمة آر تي إيه للأخبار والشؤون الحالية.