الإبادة الجماعية للسكان الأصليين هي التدمير الشامل لكامل مجتمعات السكان الأصليين. يعرّف السكان الأصليون على أنهم أناس أصبحت أراضيهم التاريخية والحالية محتلة من قِبل التوسع الاستعماري، أو من خلال تشكيل دولة من قِبل مجموعة ذات قوة مهيمنة مثل القوة الاستعمارية.
مصطلح السكان الأصليين تمت صياغته بوساطة رفاييل ليكمن في منتصف القرن العشرين، وقد تضمن التوسع الاستعماري للعديد من القوى الاستعمارية، مثل الإمبراطورية البريطانية والإمبراطورية الإسبانية بشكل متكرر أفعال إبادة جماعية ضد مجموعات السكان الأصليين في الأمريكيتين، وأستراليا، وأفريقيا، وآسيا. بالاستناد إلى ليكمن، فإن الاستعمار بحد ذاته كان «إبادة جماعية فعلية». رأى ليكمن أن هذه الإبادة الجماعية هي عملية مكونة من مرحلتين، أولاً تدمير أسلوب حياة السكان الأصليين. المرحلة الثانية كانت تتمثل بالقادمين الجدد الذين فرضوا أسلوب حياتهم على مجموعات السكان الأصليين.
بالاستناد إلى ديفيد مايبوري لويس، فإن الأشكال الإمبراطورية والاستعمارية للإبادة الجماعية قد سُنّت في طريقين رئيسيين، إما عبر الإخلاء المتعمد والمدروس للأراضي من سكانها الأصليين في سبيل جعلهم قابلين للاستغلال من أجل استخلاص مصادر الثروة أو بناء مستوطنات استعمارية، وإما عبر تجنيد السكان الأصليين كعمال قسريين في مشاريع استعمارية وإمبريالية لاستخلاص مصادر الثروة. غالباً ما تكون أحداث محددة مثل الإبادة الجماعية أمراً مثيراً للجدل.
ناقش بعض الباحثين، ومن ضمنهم ليكمن، فيما إذا كانت الإبادة الجماعية الثقافية، أحياناً يطلق عليها اسم الإبادة العرقية، ينبغي أيضاً أن يتم الاعتراف بها. سوف يستمر الناس في التواجد، لكن في حال منعهم من إبقاء هوية مجموعتهم من خلال حظر ممارساتهم الدينية والثقافية التي تعتبر أساس هويتهم، فإن هذا الفعل يصنف أيضاً كشكل من أشكال الإبادة الجماعية. بعض الأمثلة تتضمن معاملة الحكومة الصينية لشعب التبت، ومعاملة الحكومية الفيدرالية للولايات المتحدة لسكان الأمريكيتين الأصليين.