الكلفة التأسيسية لإنشاء محطات توليد الكهرباء بالطاقة النووية عالية عند بناء أول بضع محطات، تقل الكلفة بعد ذلك لكل محطة جديدة تُبنى إذ تنشأ سلاسل توريد وتتحسن الإجراءات التنظيمية. تشكل كلفة الوقود والكلفة التشغيلية وكلفة الصيانة جزءاً ضئيلاَ من الكلفة الإجمالية. تسمح الإنتاجية المرتفعة وطول زمن خدمة (أو عُمر) المحطات النووية بتوفير تمويل كافٍ لتفكيك المفاعلات النووية عند انتهاء صلاحيتها بالإضافة إلى تخزين المخلفات النووية وإدارتها، دون أثرٍ يُذكر على سعر واحدة الكهرباء المولَّدة. يضاف إلى ذلك بأن الإجراءات المتخذة لحماية المناخ كضريبة الكربون وأنظمة التجارة بانبعاثات الكربون تجعل الطاقة النووية خياراً أفضل من طاقة الوقود الأحفوري.
تختلف كلفة إنشاء محطات نووية بشكل كبير بين الدول المختلفة وعبر الأزمنة المختلفة. حدثت قفزات كبيرة وسريعة في الكلفة في السبعينيات، خاصةً في الولايات المتحدة. ادعت دراسة واحدة بأن هذه الزيادات كانت خاصة بالولايات المتحدة. لكن هذه الدراسة انتُقدت لكونها انتقائية في اختيار المعطيات ومنحازة في تقديم التفسيرات. لم يكن هناك أي تدشين لبناء مفاعل في الولايات المتحدة بين عامي 1979 و 2012، ومنذ ذلك الحين أفلست مشاريع إنشاء مفاعلات جديدة أكثر من تلك التي اكتملت. كانت منحنيات الكلة في بلدان كاليابان وكوريا في الفترة الأخيرة مختلفة كثيراً عن الولايات المتحدة، بما في ذلك فترات الاستقرار وانخفاض الكلفة.
أدى تباطؤ ازدياد الطلب على الكهرباء في البلدان الأكثر تطوراً اقتصادياً في السنوات الأخيرة إلى صعوبة الاستثمار في بنىً تحتية طاقية كبرى (أي محطات الطاقة التي تولد استطاعات كبيرة). الكلفة التأسيسية المرتفعة جداً ودورات المشاريع الطويلة تحمل معها مخاطرات كبيرة، تتضمن صنع القرار السياسي وقرارات التقنين. ينازع عددٌ من المشاريع الراسخة لإيجاد التمويل في أوروبّا الشرقية وخاصة محطة بيلين في بلغاريا والمفاعلات الإضافية في محطة سيرنافودا في رومانيا، وقد سحب بعض الداعمين المحتملين أيديهم. يفرض تواجد الغاز الطبيعي الرخيص والمتوفر بشكل مستقر للمستقبل في بعض الأماكن تحديات كبرى أمام مشاريع الطاقة النظيفة. قال جون رو المدير التنفيذي السابق لإكسيلون عام 2012 إن الاستثمار في محطات نووية جديدة في الولايات المتحدة «غير منطقي في الوقت الراهن» ولن يكون مجدياً اقتصادياً طالما بقيت أسعار الغاز الطبيعي منخفضة.
انخفضت تكاليف الاستثمار في المحطات النووية الجديدة في الصين حديثاً إلى ما دون 2000 دولار/كيلوواط في عام 2016، مع استمرار الصين في تسريع برنامجها الحديث للبناء بعد فترة توقف عقبت كارثة فوكوشيما. لهذا كله، تعتمد المقارنة مع بقية أشكال إنتاج الطاقة بشكل كبير على التوقعات الخاصة بمقدار الزمن اللازم للبناء وكمية رأس المال المخصص لتمويل المحطات النووية.
تحليل اقتصادية الطاقة النووية يجب أن يأخذ بعين الاعتبار من يتحمل مخاطر التقلبات المستقبلية. حتى اليوم، كل محطات الطاقة النووية العاملة أُنشئت من قبل مؤسسات كهرباء احتكارية من القطاع العام (مؤممة) أو المشترك (منظمة من قبل الدولة) إذ تكون معظم المخاطر المتعلقة بالتغيرات السياسية والتقنين يحتملها المستهلكون بدلاً من موفري الخدمات. حررت العديد من الدول سوق الكهرباء فتحولت هذه المخاطر، بالإضافة إلى مخاطر ظهور بديل منافس أرخص آتٍ من قطاع مصادر الطاقة البديلة قبل استرداد قيمة رأس المال، إلى عاتق مشغلي وموردي المحطة بدلاً من المستهلكين، ما ينتج عنه تقييم مختلف كثيراً لخطر الاستثمار في محطات نووية جديدة.
حدث لاثنين من بين أربع مفاعلات نووية أوروبية عاملة على الماء المضغوط قيد الإنشاء (محطة أولكيلوتو النووية في فنلندا وفلامانفيل في فرنسا)، وهي -أي المفاعلات النووية العاملة على الماء المضغوط- أحدث المنشآت الجديدة في أوروبا، أن تخلفا كثيراً عن جدول المواعيد المفترض لهما، بالإضافة لتجاوزهما بشكل كبير ومؤثر للكلفة المحددة لهما. من المرجح أن ترتفع أسعار بعض أنواع المحطات النووية العاملة حالياً والمستحدثة عقب كارثة فوكوشيما داييتشي النووية 2011، نظراً للشروط الجديدة على إدارة الوقود النووي المستعمل في المنشأة وزيادة التحديات الناجمة عن المتطلبات التصميمية المرتفعة.