تتسم خدمات المياه والصرف الصحي في كينيا بانخفاض مستويات الوصول إلى المياه والصرف الصحي، لا سيما في الأحياء الفقيرة بالمدن والمناطق الريفية، فضلا عن رداءة جودة الخدمة المتمثلة في انقطاع إمدادات المياه. ويزيد شح المياه الموسمي والإقليمي في كينيا من صعوبة تحسين إمدادات المياه.
شهد قطاع المياه في كينيا إصلاحات جذرية بموجب قانون المياه رقم 8 لسنة 2002. في السابق، كانت مسؤولية تقديم الخدمات تقع على عاتق مؤسسة وطنية واحدة لحفظ المياه وخطوط الأنابيب، بالإضافة إلى عدد قليل من المرافق المحلية التي تأسست منذ عام 1996. بعد إقرار القانون، تم توزيع مسؤولية تقديم الخدمات تدريجيا على 91 جهة محلية لتقديم خدمات المياه. وتم ربط هذه الجهات بثمانية مجالس إقليمية لخدمات المياه، تتولى إدارة الأصول من خلال اتفاقيات تقديم الخدمات مع هذه الجهات. كما أنشأ القانون هيئة تنظيمية وطنية تتولى تقييم الأداء والموافقة على اتفاقيات تقديم الخدمات وتعديلات التعرفة. وبموجب قانون المياه لعام 2014، نُقلت مهام المجالس الإقليمية الثمانية لخدمات المياه إلى 47 مجلسا لتطوير أعمال المياه في كل مقاطعة من مقاطعات كينيا.
تظل وزارة المياه والري مسؤولة عن سياسات إمدادات المياه، بينما تتولى وزارة الصحة العامة والصرف الصحي مسؤولية سياسات الصرف الصحي.
على الرغم من أن تعريفات المياه الحضرية مرتفعة وفقا للمعايير الإقليمية (60 شلن كيني أو 0.60 دولار أمريكي للمتر المكعب في المتوسط عام 2014)، فإن هذه التعريفات لا تغطي سوى تكاليف التشغيل، وليس تكاليف رأس المال. ولا يتحقق استرداد التكاليف بالكامل لأسباب عديدة، منها ارتفاع نسبة المياه غير المحصّلة (بمعدل 42%). واستنادا إلى تكلفة وحدة الإنتاج، قُدّرت الخسائر على مستوى البلاد بسبب المياه غير المحصّلة في عام 2014 بنحو 5.2 مليار شلن كيني، أي ما يعادل 52 مليون دولار أمريكي. ومن الأسباب الأخرى الحاجة إلى استغلال مصادر المياه البعيدة بتكلفة باهظة في بعض المناطق. فعلى سبيل المثال، تُزوّد مدينة مومباسا بالمياه من مصدر يبعد 220 كيلومترًا عن المدينة. ورغم أن 16% من الكينيين في المناطق الحضرية لديهم إمكانية الوصول إلى شبكة الصرف الصحي، إلا أنه لا توجد رسوم على الصرف الصحي في كينيا، مما يجعل هذه الخدمة المكلفة مجانية عمليا.