تعاني الأسماك من الأمراض والطفيليات مثل البشر والحيوانات الأخرى. تنقسم دفاعات الأسماك ضد المرض إلى دفاعات محددة وأخرى غير محددة. تشمل الدفاعات غير المحددة الجلد والقشور، بالإضافة إلى الطبقة المخاطية يفرزها الجلد التي تحبس الكائنات الحية الدقيقة وتمنع نموها. إذا خرقت ممرضات هذه الدفاعات، يمكن للأسماك تطوير استجابات التهابية تزيد من تدفق الدم إلى المناطق المصابة وتوصل خلايا الدم البيضاء التي تحاول تدمير الممرضات بالمنطقة.
الدفاعات النوعية هي استجابات مخصصة للممرضات المحددة المعترف بها من قبل جسم السمكة، وهي الاستجابات المناعية التكيفية. في السنوات الأخيرة، أصبحت اللقاحات مستخدمة على نطاق واسع في الزراعة المائية وأسماك الزينة، على سبيل المثال لقاحات الدرن في فيروس السلمون المزروع وفيروس الهربس في كوي. ومن الأمثلة على الأمراض السمكية المهمة تجاريا هو الميخوط الدماغي، وهو من فصيلة الميخوطيات.