أغنيس فاي مورغان (بالإنجليزية: Agnes Fay Morgan) هي عالمة كيمياء حيوية وكيميائية أمريكية، ولدت في 4 مايو 1884 في بيوريا في الولايات المتحدة، وتوفيت في 20 يوليو 1968 بسبب نوبة قلبية.
تقلدت مورغان عدة مناصب تدريسية في مدارس صغيرة بصفتها متخرجة من جامعة شيكاغو، قبل أن تحصل على الدكتوراه وتعمل في بيركلي. أجرى معمل مورغان العديد من الأبحاث المهمة حول التركيب الغذائي للطعام والكيمياء الحيوية للفيتامينات، خاصة حمض بانتوثينيك (فيتامين ب5). ربط عملها نقص كثافة العظام بالتقدم في العمر وارتفاع الكوليستيرول بتناول حمية مليئة بالدهون.
ظلت مورغان مرتبطة ببيركلي لمدة 50 عامًا، وظلت نشطة في مجالها حتى قبل وفاتها بفترة وجيزة، بالرغم من تقاعدها في عام 1954. نالت ميدالية غارفان من الجمعية الكيميائية الأمريكية وجائزة بوردين البحثية من مؤسسة شركة بوردين. وفي بيركلي، سُمي حرم مختبر التغذية على اسمها احتفالا بها. كما تقدم جمعية الكيمياء الشرفية الأمريكية لوتا سيغما باي جائزة أنغيس فاي مورغان البحثية للنساء المتميزات في هذا المجال.