يوحنا الثالث ميغاس كومنين أو جراند كومنين ( باليونانية: Ἰωάννης Μέγας Κομνηνός ; ق. 1321 – 1362) كان إمبراطور طرابزون من 4 سبتمبر 1342 إلى 3 مايو 1344. وكان ابن الإمبراطور ميخائيل الطرابزوني (الذي حكم ليوم واحد في عام 1341) وأكروبوليتيسا ، ابنة قسطنطين أكروبوليتس .
عاش يوحنا معظم حياته في القسطنطينية، حيث استقر والده هناك منذ عام 1297 تقريباً. وعندما نُصب ميخائيل إمبراطوراً على طرابزون ليوم واحد فقط في عام 1341، قبل أن يتم خلعه وسجنه سريعاً على يد "الدوق العظيم" (megas doux) يوحنا الخصي، كان يوحنا لا يزال في القسطنطينية.
ومع ذلك، في عام 1342، قام قادة عائلة "سكولاريوي"، نيكيتا سكولاريس وغريغوري ميتزوماتس، بزيارته هناك وأقنعوا الشاب بالقدوم معهم إلى طرابزون ليعتلي العرش. وبموافقة الحكومة البيزنطية، انطلقت المجموعة نحو طرابزون في سبتمبر 1342 بعد الحصول على دعم ثلاث سفن جنوية، ليصل إجمالي أسطولهم الصغير إلى خمس سفن.
وبعد معركة قصيرة ولكن شرسة، استولى يوحنا ومؤيدوه على المدينة في 4 سبتمبر، مدعومين بانتفاضة شعبية لصالحه. وعقب تتويج يوحنا الثالث إمبراطوراً، تم خنق الإمبراطورة المخلوعة آنا أناخوتلو ، كما أُعدم أنصارها من النبلاء أو نُفوا، وذلك بعد وقت قصير من حفل التتويج الذي أقيم في كنيسة "باناييا كريسوكيفالوس".
يصف كلٌّ من ويليام ميلر وجورج فنلي يوحنا الثالث بأنه حاكم ضعيف ومنحل، لم يكن يهتم إلا بالترفيه والانغماس في الملذات والترف؛ ولم يُبدِ أي اهتمام بوالده الذي ظل أسيرًا لدى الدوق الأكبر يوحنا الخصي. بعد وفاة الدوق الأكبر ، زحف نيكيتاس إلى ليمنيا حيث حرر ميخائيل ثم عاد به إلى طرابزون لعزل يوحنا. في 3 مايو 1344، نُفي يوحنا إلى دير القديس سابا (حيث وُضع تحت حراسة بيزنطية) وأُعيد والده إلى العرش.
نُقل الإمبراطور المخلوع في نهاية المطاف من قبل والده إلى القسطنطينية، ومنها عام 1345 إلى أدرنة . هرب من أدرنة حوالي عام 1357 وتوجه إلى سينوب لاستعادة عرشه، لكنه توفي في تلك المدينة عام 1362. يذكر ميخائيل باناريتوس أن يوحنا كان له ابن، لكنه لم يذكر اسمه؛ كل ما سجله باناريتوس عنه هو أنه هرب من الأسر عام 1363 ولجأ أولًا إلى فيودوسيا ، ثم إلى غلطة.