البابا يوأنس الثالث عشر بابا الإسكندرية بطريرك الكنيسة القبطية الأرثوذكسية الرابع والتسعون (1484 –1524). في مدته تولى الملك الأشرف وتولى بعده سبعة ملوك آخرين كان آخرهم العادل طومان باى أبن أخى قانصوه الغورى الذي قتله السلطان سليم خان ملك القسطنطينية (سليم الأول السلطان التركي) ، وبموته أنقطعت دولة الجراكسة وبطلت السلطنة من مصر وصارت تابعة للمملكة العثمانية تحوّلت مصر أثنائها إلى ولاية تابعة للإمبراطورية العثمانية.
عاش البابا فقيرًا من الناحية المادية، وله كثير من المؤلفات في طقوس الكنيسة وفي تعاليمها تزود بها أهل عصره.
ظل المقر البابوي كما هو في كنيسة السيدة العذراء بحارة زويلة حيث دفن أيضًا مع سابقيه.