يحيى زكريا الأغا ولد في مدينة خانيونس في فلسطين عام 1955 وحصل على الثانوية العامة من مدرسة خانيونس الثانوية للبنين، ثم أكمل دراسته الجامعية في جامعة عين شمس في القاهرة وحصل على درجة البكالوريوس من هناك، وفي عام 1986 حصل على درجة الماجستير من جامعة القاهرة في النقد العربي، ومن ثم في عام 2000 حصل على درجة الدكتوراه من جامعة القرآن الكريم والعلوم الإسلامية في السودان.
عمل د.يحيى الأغا مدرساً بالجماهيرية الليبية لمدة عامين بعد التخرج، ومن ثم مدرساً في دولة قطر لمدة واحد وعشرون عاماً حتى عام 1999 ومن ثم عمل في سفارة دولة فلسطين في قطر حتى يومنا هذا.